密皈依，又名不共皈依，有三種
一、內皈依。
二、密皈依。
三、密密皈依。
内皈依：除了皈依佛、法、僧之外，並加皈依上師、本尊、空行三種。
爲什麼要皈依上師？上師是加持的根本，從釋迦佛以下，代代相承傳至上師，是顯教傳承。從金剛持以下代代相承，傳至上師爲密教無上部傳承。從法身普賢王佛以下代代相 承，傳至上師，爲無上大圓滿傳承。從金剛薩埵以下代代相承傳至上師, 爲作部、行部、 瑜珈部的傳承。這些傳承包括在九乘次第之內，都是普賢王佛的法報化三身應機所說。這 傳承中的加持血統，都滙集在上師的身上，所以說：「上師的身是僧寶, 上師的語是法寶，上師的意是佛寶。」這是說上師一身總攝三寶。又說：「上師的身是上師，上師的語是本尊，上師的意是空行。」這是說上師一身總攝三根本。因此，他是過去諸佛的化身，現在諸佛的補處，未來諸佛的生處。他能攝受賢劫千佛所不能化度的有情，他的恩比佛還要殊勝。所以說：「上師卽佛亦卽法，如是上師亦僧伽，師，上師具德金剛持。」這是說皈依上師。
爲什麽要皈依本尊呢？「本尊」是「成就」的根本。弟子在受灌頂時，上師本其歷代傳承的法則，修法迎請本尊降臨，本尊便乘他昔日所發的誓願，降臨壇場，弟子便得四種 灌頂；得灌頂後弟子卽成本尊。以後依法修持不犯三昧耶戒，本尊便乘誓願賜與加持，融入其身如水投水，弟子卽能顯現本尊功德而成悉地，所以要皈依本尊。
爲什麼要皈依空行呢？空行母是事業的根本。「事業」，便是行者在初發心和中間過渡至末後的成功，所需要的事業，如息災、增益、懷愛、降伏等以及一切不共同的事業，需要空行母携助時，空行母便予以有力的協助，這是皈依空行的意義（佛教密宗說護法是事業的根本）。
三寶加上三根本，便是内皈依，修密乘者，一得灌頂就入内皈依，謹守内皈依戒如法修持便得悉地。内皈依的皈依佛，是皈依法、報、化三身及大金剛持一切寂怒本尊；皈依法，是皈依四部密法及顯密諸法； 皈依僧，是皈依一切修證共同悉地，和殊勝悉地的賢聖。密乘的聖僧地位，起碼要證到持明仙位，方是聖僧。
密皈依是自身氣、脈、明點。在受大灌頂之後的人（四灌頂：瓶灌頂、密灌頂、 智慧灌頂、三昧耶灌頂。）先修生起次第，再修圓滿次第。修生起次第屬於福資糧，修圓滿次第屬於慧資糧。福資糧是修色身 （報化二身）方面的；慧資糧屬於法身方面的。法身不必向外馳求，自身如來藏體中氣、脈、明點，就是修法身，也就是佛、法、僧三寶，這是捷道的皈依、境界很高。五大之風（氣）是佛寶，也是法身。明點菩提是法寶，也是報身。三脈四輪是僧寶，也是化身。三脈是中脈和左右二脈。四輪：頂上大樂輪有三十二瓣，喉間報輪十六瓣，心間法輪八瓣，臍間化輪六十四瓣。
密密皈依，修無上密宗的人，知道自己身心法界中的「體性空」是法身，「自性明」 是報身，「大悲普遍」是化身。皈依自性法、報、化三身，一切通達，一切無礙，這是究 竟眞實皈依，到此是無話可說了。