「論治」的意義，就是討論對疾病處理的方法。本章內容，主要包括治療的原則、法則和方劑的配伍等。內經中有關治療方面的方劑雖然不多（只有十三方），但對治療的原則和法則散見在各篇中是非常豐富的，這裏所選錄的只是其主要部分，不足以槪其全貌，可是應該認識到這是古代的治療學，後世立法制方的理論，大多是導源於此的。
內經治療學說，同樣是以「陰陽五行」學說、「天人相應」觀念、臟腑、經絡、營衛氣血的生理功能以及其病理變化等爲理論基礎的。在這一基礎上，用「以常衡變揆度奇恒」的方法，了解疾病的源頭，掌握辨症論治，從而定出了寒熱、補瀉、上下、逆從等治療原則，針對病理變化用之於消除疾病，恢復健康。
治法總的精神，具有整體觀念，如陰陽應象大論說：「治病必求於本。」至眞要大論也說：「必伏其所主，而先其所因。」五常政大論有「病在上，取之下，病在下，取之上，病在中，傍取之」的治療原則。有關以上這些原文記載，都說明治療不是頭痛醫頭，腳痛醫腳局限性的方法，而是從「辨症求因，審因論治」的整體觀念出發的。
治療上總的目的，是「調節陰陽，以平爲期。」使偏盛偏衰的達到平衡，這是一個總的原則，在這個原則之下的具體方法，則又要依據症候的表現而決定，所以有正治法，反治法，有扶正祛邪，有祛邪存在，有急則治標，緩則治本 …… 等不同措施。這些方法雖各有不同，總的目的不外是抑盛扶衰，使機能達到平衡的目的。
綜上以觀，這些理論，在臨床實踐中，的確起了很重要的指導作用。所以後世在治療學的成長和發展方面，也起着根本性的啟示作用。例如：仲景傷寒論的一百一十三方，徐之才的七方十劑，雖然是他們的創造發揮，但追本窮源，其立法制方的意義，還是本於內經的。通過本章研究，掌握其基本理論，在這一基礎上然後再進一步鑽研後世有關治療學的文獻，才能不斷提高和發展。
