為什麼佛教會設立這三種懺法呢？這是有它的原因的。這三種懺法各有它所依的原理，和它所要對治的對象。例如：作法懺是依戒而設立的懺法，它所要懺悔的是遮罪；取相懺是依定而設立的懺法，它所能懺除的，通於各種惡業；無生懺是依慧而設立的懺法，它要懺除的是最重要的性罪和罪根。智者大師在《釋禪波羅蜜》卷二說：
「今明懺悔方法，教門乃複眾多。取要論之，不過三種：一、作法懺，此扶戒律，以明懺悔；二、觀相懺悔，此扶定法，以明懺悔；三、觀無生懺悔，此扶慧法，以明懺悔。
一、作法懺的所依所治
先來解釋作懺法的所依和所治。
懺悔，是針對過錯而設的，如果一個人沒有過錯，根本就用不著懺悔。有了過錯，也才有惡業；造了惡業，自然就形成罪業。罪業是會令人感受到難過與痛苦的。這難過與痛苦，更是會從現在存於內心上而延續到未來——包括今世，以及未來世。為了要消除現在和未來的痛苦，所以，才有了懺悔的設立。
那麼，我們怎能知道，自己有沒有過錯？在什麼時候造了罪業，成了有罪之身呢？這在出家眾，很容易瞭解，他們有戒律作為身心的規範，如果犯了戒，便是行為有了過錯；犯了戒，自然的，也就產生了戒律，又叫做「遮罪」。
遮罪就是指：有些行為對社會上的人來說，並沒有罪；但是，對出家受過具足戒的比丘、比丘尼們，卻是有罪的。譬如：為青年男女作媒或飲酒、貿易買賣……等等，出家戒中規定：比丘、比丘尼不可以有這些行為，以免引起社會上人的譏謗。既然受了出家戒，就必須守持；受戒而犯戒，在戒律上來說，便是一種過失，也是一種罪業，自然的，也就形成一種罪。但這種罪是佛陀制戒，經由出家眾受戒犯戒之後，才成立的，不是通於一般人，所以叫做「遮罪」。
出家眾犯了戒，有了遮罪，按照戒律的規定，必須作法懺才能滅除。這在戒律裡是很強調的。遮罪是因戒——犯戒而有，當然，也就必須按照戒律的規定，經由作法懺悔，才能滅除了。
二、取相懺的所依所治
再談到取相懺的所依和所治。
就一般來說，取相懺是要比作法懺來得困難了。因為一個造了罪業的人，能夠見到佛菩薩的瑞相，那就表示，他的懺悔已經發生了效果，罪業已經消亡；不僅如此，連帶的，他的妄想、煩惱更是已經淡薄，乃至消失，身心入於靜定中了。如此，才有可能見到瑞相。瑞相的產生，雖然不能說全是唯心，但如果內心不清淨，就如一潭混濁的湖水，再大再明的月亮，也不可能映現于水上。所以，取相懺就不像作法懺，可以在一時之間完成。它可能必須經過幾天、幾月或幾年，甚至幾十年長久時間的懺悔，才能達成。
但是，有一份的耕耘，就會有一份的收穫，取相懺所能夠滅除的罪業，就比作法懺廣泛的多了，除了遮罪之外，各種罪業，包括性罪，也都可以得到滅除。
因此，梵網菩薩戒教犯了十戒的人，要從事取相懺，一旦得見好相，便能滅罪。十戒便是波羅夷重戒，包括：「一殺戒；二盜戒；三淫戒；四妄語戒；五酤酒戒；六說四眾過戒；七自贊毀他戒；八慳惜加毀戒；九嗔心不受悔戒；十謗三寶戒。這十戒中有遮有性，犯了十戒的罪，可能是遮罪，也可能是遮罪加上性罪，譬如：殺生、偷盜、邪淫，便是各具遮性雙罪。遮罪可以經由作法懺而滅除，但性罪仍然存在；而取相懺則可以雙滅遮性二罪，自然是比作法懺殊勝了。
從事于取相懺時，不單只是懺悔，還是一種修行。在不斷的禮佛懺悔之下，無形中，就會具足戒行，乃至進入禪定；再由戒行與禪定的功德，而達成了取相懺。
三、無生懺的所依所治
取相懺雖功效比作法懺來得殊勝，但仍然不夠究竟。
取相懺與作法懺都是建立在有惡業（罪業）的前提下，來從事懺悔的。因為有惡業——承認自己造了惡業，所以，必須懺悔，以求消除惡業。這種觀念，似乎天經地義般，不覺得有什麼錯；然而，仔細探究起來，就會發現是有問題的。
既然有惡業——惡業是存在的，那麼又怎麼能夠滅除它呢？反過來說，如果惡業是可以經由懺悔而得滅除，那麼，這惡業就不是真正的惡業了；否則，在道理上是說不通的。因為，既是有惡業的存在，又說惡業可以經由懺悔而滅除，這不是自相矛盾嗎？存在的，就不可能滅除，它會永遠的存在，這才是真正的存在。惡業既然能夠由懺悔而滅除，那麼，惡業的存在並非是真實、不是有自性的存在。如此，惡業不過是個虛幻的東西；虛幻的，才能夠加以滅除。
但是，惡業既然是虛幻的，也就是空的。空的還用懺悔嗎？因此，只要我們瞭解到惡業的真相，知道惡業的不實，無形中，惡業就消失了，不必我們再去懺悔。所以，常被懺悔者引用的《觀普賢菩薩行法經》說：“若欲懺悔者，端坐念實相，眾罪如霜露，慧日能消除。”（注二）這段偈所表達的就是無生懺的道理。
無生懺和作法懺、取相懺不同的是：它要從根本上否定罪業的存在，以達到不見罪業，也不用懺悔的境界，而自然達成了懺悔的目的。這就需要智慧了，在智慧的觀照之下，才能夠照見諸法實相，了知罪業不可得，作者、受者更是不可得。所以，無生懺是依慧而設立的。
從戒定慧三學來說，慧的層次是高於定和戒的；慧也是持戒、修定所要達到的目的。同時，戒與定都不是究竟，唯有慧，才是究竟的；戒與定只是修行上要達到慧的一種前方便。那麼，依戒而立的作法懺，和依定而立的取相懺，自然也就不如依慧而立的無生懺，來得究竟與圓滿了。
所以，作法懺只能懺除遮罪，取相懺則能懺除遮性雙罪，而無生懺除了能懺除遮性諸罪之外，連最重要的五逆罪：殺父、害母、殺害阿羅漢、破和合僧團、惡意出佛身血也都可以懺除。譬如：佛世有位「阿闍世王」，因為聽信提婆達多的教唆，便將父王殺害，奪取王位，然後，自立為王。不久，果報現前，身上長瘡，痛苦異常，雖有後悔之心，無奈惡業已成，無法挽救了，自認是地獄中人。但後來見了佛陀，在佛陀睿智分析之下，令他覺悟到：被殺者、乃至殺者本身都不可得，那裡有罪業呢？於是，本來必須墮入五無間地獄受報的五逆罪，就在無生理觀之下，重報輕受的過去了。
