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遊方教化的十二年過去了，從民國四十一年到五十三年，印順導師的台灣一紀，充滿驛動之感。他回顧這十二年來陸空奔忙，往返於日本、泰國、高棉、香港、菲律賓，還有一段時間長在病中。出國與臥病之外，又爲福嚴精舍、慧日講堂的建築，花費不少時間。表面上看來，講經弘法、建道場、出國、當住持，似乎法運亨通，然在佛法的進修而言，他自認是最鬆弛的十二年。
動而思靜，印順導師在民國五十三年五月，離開台北，離開一切風雨與風光，在嘉義「妙雲蘭若」掩上關門，爲這來台的十二年，打上一個暫別的句點。
進關那天，印順導師走入關房，封上門，安靜地寫下一篇詩偈〈掩關遙寄＞：
「五月廿六日為釋迦世尊誕辰。中夜寧寂，舉世歡欣。印順於是日，就嘉義市妙雲蘭若，虔誠懺願，捨諸緣務，掩室靜修。爰舉偈遙寄，以告謝海內外緇素同道。
（一）離塵卅五載，來台滿一紀，風雨悵淒其，歲月驚消逝。
時難感親依，折翮歎羅什。古今事本同，安用心於悒！
（二）願此危脆身，仰憑三寶力。教證得增上，自他感喜悦。
不計年復年，且度日又日，聖道耀東南，靜對萬籟寂。」
有一回聖嚴法師來探望，有感而發地說：「老法師似乎很孤獨？」「也許是的。」導師承認。
政治的壓力、教界的誤解排擠，時代的大環境給了他大孤獨，對外弘化理想難伸；而對內共修呢，有心領眾往佛法的深層處走去，卻因每人各有因緣，也使不上力了，「我想，現在如果是大陸過去那樣，有幾所重視佛學的佛學院，多有幾位具有為法真誠的青年，我對佛法也許還有點裨益。雖然現在也有稱歎我的，但我與現代的中國佛教距離愈來愈遠了。有的說我是三論宗，有的尊稱我為論師，有的指我是學者，讓人去稱呼吧！」
一向不以先知自居的導師，先知的寂寞，他是體受到了。
一個戰亂流動的年代，一個不重研究的佛教，一個多病的身軀，面對佛法衰蔽，緬懷印度親依、羅什諸大師，念天地之悠悠，愴然一嘆，不如歸去！
歸返到寧靜裡，一間靜靜的關房，一扇小小的窗洞，一條細細的蘭花小徑，通往一塊白雲悠悠的後院。關中的區域就這麼小，然而一室經藏、滿榻哲思，振筆著述，以紙墨發聲，法喜流漾處，小區域是大天地。
有卷在手，有管在握，蘭花迎風吐蕊，透入小房，蘭氣瀰漫，佛法滿室生香 ……。
護關的三位弟子慧理、慧潤、慧瑞諸法師，都才二十歲出頭，年紀很輕，但爲法的心意很重。三人在這裡爲印順導師護關，護的是一個智慧深廣的心靈，護的是一個踽踽獨行於現代中國佛教史上的身影。
而今住持妙雲蘭若的慧理法師回憶：「那種天年，眞是窮得可以，但導師這個人骨氣硬，從不向人吐苦水，即使窮得沒飯吃，也不肯讓外人知道。他交代我們三個人不可以講，我們也就不敢向外透露，所以一切都靠自己。」
印順導師在關房研經、思維、寫作的時刻，慧理法師三人就在屋外種菜、植樹、填土整地。慧理法師說：「對於時間，導師尤其珍視，閉關期間，他吃過午飯，就在椅上閉目小睡，一點鐘準時起身，繼續閱藏、讀書、寫作。傍晚五點到六點，是他爲自己訂下的『出坡時間』，關房後通小院的那條甬道上，栽了蘭花、盆景，他澆澆水、理理枝葉，也等於是活動活動筋骨，紓解一下整天埋首桌前的久坐。六點吃過極爲簡單的晚餐後，開始經行，我們三人晚課完畢，他便準備爲我們上課。」
不只晚上爲徒弟三人講說佛法，每周日下午二點到四點，是導師爲居士們開窗解惑的時刻。有心於佛法的研究者，經常會在此時，停車山下，走著三根木幹架起的簡橋，過溪，上山來聽法，或爲疑問尋求解答。
當然，關中的研究與著述，印順導師解答的是更精深的問題。
展讀從日本請回的《南傳大藏經》，經過這一番經律的比對閱覽，發現了初期佛教的重要環節，一篇篇論述如〈論提婆達多之破僧〉、〈王舍城五百結集之研究〉、〈阿難過在何處〉、〈佛陀最後之教誡〉、〈論毘舍離七百結集〉，源源而出。
論述出自關房，而將印順導師迎出關房的是，佛學家張澄基帶來中國文化學院的聘書，禮聘導師爲哲學系教授。
民國五十四年，六十歲的印順導師成為全台第一位和尚教授，開風氣之先，衣帶飄飄揚起了大學教育史上的尖端形象。
