對治的六妙門是用在對治我們比較大的煩惱。我們在修行的過程中還有很多煩惱，所以要懂得怎樣用六妙法門去對治它。在所有的止觀裡面，對治的部分占了相當重要的位置。這說明了我們在修禪時，都會有這種現象出現。除了惡根顯現要對治外，也要對治魔事（魔有內在魔和外在魔），還有我們本身的毛病。惡根顯現時，便要去對治煩 惱；對治魔事的時候，重點放在鬼神魔或天魔。
對治應靈活
對治是看需求而去應用的，它不是死板的。例如用在多貪的眾生中，我們可以用不淨觀，但是有時也可以用慈悲觀對治。基本上，應用時都有一定的方法，但這應用的方 法都要跟《六妙門》所應用的方法有關。
《六妙門》把要對治的對象分為三種，即是報障、煩惱障、業障三種障礙，對治的方法跟我們用功有不一樣的地方。譬如多貪的眾生用不淨觀去對治，多瞋的眾生用慈悲觀，多癡的眾生用因緣觀，多散的眾生用數息觀，我慢的眾生用界分別觀，這都是可以應用的方法。
這三障在我們修禪的過程中會出現，合起來就是我們輪迴的現象。「煩惱」障就是惑，也就是無明。因無明我們才造「業」，造了業我們就去受「報」（苦），受了苦我們又再起「煩惱」，起煩惱我們又再造「業」，就這樣一直轉下去。
所謂障就是障礙，我們在承受一個業或果報的時候，它會形成一種障礙，障礙我們修行。修聞佛法有八種障礙，使得我們無法修行。三惡道就是苦的果報，生在長壽天會減少修行的機會，做了一件好事，也有可能會障礙我們學佛。那都是業障，不過惡業對我們的障礙比較明顯。有人在承受惡報的時候還是可以修行，因為逆緣會激發他向上的心。
（一）報障
報障分成三種。第一種是分別覺觀心，心散動而且攀緣諸境，這就是我們所講的攀緣心。覺觀心就是尋伺、思考，也是一種分析的力量。這種心如果在很細的時候去應用 它，它就能夠分析真理。如果在開始用功，心還是很亂的時候去應用它，我們就會攀緣，不能收攝心。這種情形一出現，我們就要用數息觀去對治。
第二種是業報顯現，它有兩種現象，即是亦昏亦散。昏是無記心，暗是睡眠，散是心浮越逸（這裡所講的散跟我們所講的攀緣不一樣）。在這些情況下我們都不能用功，只能用隨息去對治它。我們把注意力集中在呼吸上，然後隨著它進、出，一時一刻都不放下這個呼吸。
第三種是心急氣粗，心散流動。這是一種散心，也是我們氣調得不好的緣故。這個時候，對治的方法是把心集中在一點上面，或是觀手掌、拇指交接的地方，也可用觀鼻息；慢慢去調它，調到它很細。如果氣很粗又急，就要寬身放息。首先放鬆身體，然後做幾個按摩運動或深呼吸；過後再調和身心的氣，把心集中起來，那就是用止的方法。
（二）煩惱障
煩惱障是指貪、瞋、癡種種煩惱。貪欲起來，可用不淨觀對治，不淨觀有九想觀、初背捨、二勝處。不淨觀又可分為觀外在、觀內在、觀一切不淨三種。而瞋心一起就要用慈悲觀，愚癡邪見起的時候就用 “還門”。
上面所講的都是應用一些觀門去對治。用 “還門” 就是返照心，返照十二因緣，返照四聖諦。愚癡現象出現是因為我們在修學佛法時，正確觀念還沒掌握好，學了一些非正道的方法。所以我們在用功時，邪見會起，邪見一起，我們就要趕快對治它。
（三）業障
接下來是障道業而有的業障，它可用淨觀對治。這個淨，就是念佛。在大乘佛教，五門禪（停心觀）把界分別觀改成念佛觀，這和淨土法門的念佛不一樣。念佛觀在原始佛教已有應用，佛陀曾教導他的弟子在恐懼時要用念佛觀。他不是念佛號，而是憶念著佛，想佛的莊嚴相，念佛的功德、智慧和光明。
在這裡所講的念佛有三種，一種是念世尊或其他佛所顯現的好相，一種是念報身佛。報身佛有兩種，一是自受用的報身，一是他受用的報身。自受用的報身是證到佛果，自享用的涅槃報身。他受用報身是為菩薩說法的報身，初地菩薩有初地菩薩的金剛身，二地菩薩有二地菩薩的大身。所講的這些凡夫都無法見到，都是一種觀想而已。三是念法身。實際上法身根本沒有形像，法身就是法性，一切法都有法性，所以一切法都能顯現佛性。
這裡都是一些淨門的方法，淨就是觀本淨，本性清淨，不生不滅。觀這些，能對治障礙我們修行的業障。
