對治的部分，在每一種止觀法門裡都談到相當多。《小止觀》、《摩訶止觀》也有談到，《釋禪波羅蜜》談得最多，也談得比較詳細。它們所分析的方法都有點不一樣，《六妙門》談到對治時是分成三種障，就是：報障、煩惱障和業障。最常講的及一般最清楚的是業障，譬如腿盤得不好、業障重等。
生死輪迴即是業的顯現，而業是由煩惱生起。煩惱生起以後造業，造了業以後就形成報。在這個過程中又因果報等而生起煩惱，所以惑（煩惱）、業（業障）、苦（報障）是循環而來的。
至於煩惱、業或報，它是不是一定成為障？我們習慣的講法，常使它自然而然成為一種障。障的意思是說它會障礙修行，也可能障礙生活，令我們的生活過得不寫意，或者心情煩悶、苦惱。
在生死輪迴中，只要還沒有超越生死，一定是惑、業、苦，一直在循環。但是，要了生死也要照著這個循環一直下去。平常的人把業當成是不好的，其實每做一件事情都是在造業，但是不一定是惡業。我們可以造善業，也可造清淨業。因此，業是不是障．呢？不一定。甚至到了大乘佛教，連煩惱都不是障，煩惱是菩提！所以，要淨化障、提昇障，否則善業也可能形成障。
因此，業是不是障不在這個業或是形成那個報的本身，而是在受這個報或造這個業的人怎樣處理它？如果在惡劣的環境能刻苦向上，惡業便成為逆增上緣了。有時太好的環境反而令人垮下來，使你感覺到沒有什麼好奮鬥的嘛！也有些人在好的環境還是能夠有所成就，我們的教主釋迦牟尼佛就是最好的例子，放下榮華富貴去修行。
所以，環境所感受到的果報，造業形成的果報是不是成為障，就要看我們怎樣去處理它。如果我們處理得妥當，它就不成為障，而是一種增上緣、一種向上的力量。有好的環境、條件，正好修行；在不好的環境中，也可以在樹下修行。因此，一切在於自己怎樣處理。
循環有良性與惡性兩種。當業報出現時，你要讓這個循環往上面推或往下面滾，就看處理的方法。如果資質、身體不好、環境不好，也不一定是絕望的，也許在很困苦中也還有成就。也許這成就不高，但是你畢竟有過奮鬥。
所以，不要一面對問題就歸咎於業障，以免產生消極的心理。達摩祖師說「報怨行」，也就是說，碰到惡劣的環境也沒有關係，要去面對它、接受它。因為依因果的說法，你會受到這種報是以前造的業，一定要去面對它，不能夠逃避。但是在面對它時，不要灰心或消極，而應提起正念，記住這些惡業也是無常的，它也會過去的。在這樣的環境下，還是應該堅持要做的事情。
如果學了佛，知道應該行善，可是環境與能力不允許，行善的念頭也不要退失，雖然現在做不到，仍應堅持，能做多少便做多少。到時你會發現惡緣不足，使惡業不易形成惡報，因為你把這循環的方向往善的一邊轉去，惡緣往下墮的力量就不夠了，慢慢地你就會發現它有轉機了。
達摩祖師又提醒我們，住於善緣境裡面時，要提醒自己，這也是無常的，應把握這個機會多播種。不造善，惡業就滋長了，因為煩惱還沒有斷；煩惱沒有斷，加上不行善，惡法就來了。就好像種稻一樣，收成時應該保留種子，繼續不斷地播種，要不然野草就會生長了。因此，在日常生活中修行、學佛，應該堅持行善。在面臨惡緣時，知道我們的善緣不具足，但只要我們堅持，這些惡業還是會過去的。
這一生沒有成功沒有關係，因為佛法是講長遠的，有了方向，即使你這一生的每件事情都受到挫折，你倒下去時還是瞑目的。至少覺得這一生自己曾經奮鬥過，至少這生的方向沒有走錯。雖然沒有達到目標，但是這個方向很重要，很值得走下去。
所以如果有好機會，應該播更多的種子。通過這種對障的看法與了解，便可以往積極的方向走去，對於惑、業、苦，都可以使它往積極的方向轉去。因為我們必須要有一個方向讓自己去努力，不然的話，這一生就會渾渾噩噩、迷迷糊糊地過去；等到發現走完大部分人生的路途時，要回頭已是百年身。因此，要把障改成增上緣，即使到了最後一分鐘，也還可努力，應該把握。
當我們在修行時，障礙一定會有的。而且一般而言，修行的工夫用得愈好，往往會發現障礙愈大。當然，也有比較特殊的情形，如修到愈好時，它就愈順愈上軌道了。但是一般用功用得猛、愈急時，障礙很容易出現。這些障礙很多是我們無始以來的習氣所養成的一種習慣，尤其是內心的種種煩惱，種種的愛染和無名。
在用功的時候，這些習氣會浮現。因為在修止觀或者在禪定的時候，先要止心沉靜下來。當心沉靜下來以後，這些無始以來的習氣、煩惱就愈容易浮現，就好像讓一杯水靜止下來，裡面骯髒的東西就看得很清楚了。如果攪拌這杯水，許多骯髒的東西是無法看清楚的。
習氣是我們在用功時，往往會碰到的障礙之一，每個人的個性不一樣，但是都有根本的煩惱——貪、瞋、癡。如果要勉強地把人歸類的話，有些人是貪心比較重，有些人是瞋恚心較重，有些人是愚癡心較重。從內心的貪、瞋、癡、慢、疑種種煩惱之中，分析一下自己，便多多少少可以知道自己哪一種煩惱比較重，在修行時就要加以對治，否則修行不易提昇。
譬如貪心、愛染重的話，容易染著所喜歡的東西、境界，甚至染著修行的工具。一般來講，一有染著就容易停頓，不易上進。所以在修行的過程中，有時候就要用某一些 方法，譬如分析自己是比較屬於哪一種行人，就應用某一些方法來對治自己的毛病。
在佛法裡面，有所謂「五停心觀」的法門，就是說有五種針對我們的五種比較強烈或明顯的煩惱而運用的對治方法。這些對治的方法，平常用功時都可以運用。譬如貪心比較重的人，便應用不淨觀的法門，瞋恚心較重的用慈悲觀，愚癡心比較重的就用因緣觀，我執比較重的就用界分別觀，散心比較重的就用數息觀。現代的人散心比較重，是因為現在的環境比較複雜，各種各樣新發明的物質享受刺激我們的五官，因此用數息的方法來對治散心是比較適合的。
在修行之前，知道自己的愛染心比較重，用功時便可以用不淨觀的法門來對治；或者知道自己喜歡發脾氣，用功時可以用慈悲觀，多關懷別人，多為別人著想。久而久之，就不會碰到不如意的事情或不喜歡的人，脾氣就爆發出來，也就是用觀想的方法來對治毛病。
我慢心或我執比較重的人，就用界分別觀。界在佛法分析裡面有種種的範圍，歸納起來有十八界或六界，即依生命的特質作用而分成不同的範疇，去了解生命的結構，從中就知道每個生命是由不同的作用組合而成，所以界分別是對治我執重的方法。我們容易把自己看成永恆不變的主體，一個可以單獨存在的主體，有這個我執，就容易生慢心，應該分析了解自己後，利用界分別觀來對治我執的毛病。
另外一種現象，就是只用一種法門，不管哪一種法門，在修行過程中，如果内心忽然間生起惡念，就分析惡念是屬於怎樣的惡念，是貪、瞋、癡、慢，還是疑？知道了以後，發現這個惡念一直排除不掉，那就針對這個惡念，然後應用這個法門對治它，這是對治的一種方法。
有時在修行時，某一個念頭浮起來，要明覺到這個惡念是關係到哪一方面？由哪個煩惱生起來？知道後，便用對治這個煩惱的方法來對治它，這樣的方法只是對治當時這個心念而已。當念頭消失了，便不再用這個方法，而用回原來的方法。
這類對治的方法也是多樣化的，甚至有時候用以毒攻毒的方法。貪心重的人用不淨觀，瞋心重的用慈悲觀。如果現在瞋心生起來，便用不淨觀來對治，因為有瞋心便是你 有排斥，所以要用更狠的方法。對治方法的運用相當於六妙法門的隨便宜，就是說它沒有固定或絕對是這樣。不過，普遍上是用相對的法門去對治它。所以，生起瞋恚心時可用慈悲觀來對治。如果沒有辦法，便用不淨觀，反而有效果。所以，要看當時的需要，善巧地應用法門。
對於普通粗劣的妄念 不需要對治它。但是當心修到比較細（當然不是定境），一個比較有力的惡念頭生起來時，如果不去理會，便會形成更有力的念頭，影響用功，這是用功到某一個階段時可能出現的情況。一般比較粗的妄念往往交雜在一起，分不出它是屬於哪一種煩惱，所以基本上都用數息、隨息或者是止的方法，也就是把這些妄念先止下來。止息這些妄念以後，心念就比較細，那時就可能出現某一些現象。
《六妙門》的對治方法分成好幾種。它與《小止觀》及《釋禪波羅蜜》的分法有不一樣的地方，這是因為它要遷就論文的需要，必須說明哪幾種障礙與現象是可以用六種法門中的哪一種去對治它。至於《小止觀》則直接說明，如果用五停心觀，它就單純五停心觀對治的方法。而《釋禪波羅蜜》是以煩惱為主，講到煩惱後，才提出要用什麼方法去對治它。主要作用是說修行時可能會出現什麼現象，要用什麼方，去對治它。
相對來說，《六妙門》就比較受到限制，因為一定要用六妙法門去對治，而要遷就這六種法門。當然，這些對治的方法，不同的止觀書籍裡有不同的分析或說法，但是一些基本的原則都差不多，譬如怎樣應用、怎樣對治、大概哪一類的問題會出現等。
這一類的資料對修行有幫助，譬如修行過程所可能出現的一些問題，尤其是內心的惡念怎樣生起來及怎樣對治，它們都有提供方法或說明，在修行時便可以用得上。有些人也寫一些書教導我們怎樣去修行及用功，如果要知道這些書是否完整，可以用《小止觀》的分類來加以衡量，看裡面所包含的內容齊不齊全。如果只是告訴你某種法門怎樣其他可能發生的事情或問題卻未說明，這可說明寫書的人一定沒有修行經驗，只是從一些經論中抄出資料來。
有修行經驗的人在介紹方法時，考慮到的不是方法的問題，而是在應用方法及過程中出現的問題。他們知道方法很簡單，可是過程很複雜。從開始用功到修至某個階段會有哪些成果，這些過程比較重要。
一本好的修行指南，會說明在修行過程中所可能出現的現象是什麼？出現時應該怎樣去對治它？當然，每個人的個性不一樣，即使是同樣生起貪、瞋、癡的煩惱，每個人生起的情況也都不一樣。譬如你在打坐的時候，想起你的異性朋友，每個人都不同，所以各人就要用各人的方法去對治。雖然基本原則是這樣，但是方法、技巧還是有不同的地方。
修行時生起的惡念、對象與習氣有關，即使是同一種瞋心，各人的習氣不一樣，慎心的現行也不一樣。所以在對治的時候，雖然說方法一樣，仍有善巧或細節的不同。實際上，要把所有對治的方法寫出來是不可能的。
我們在參考這些資料時，並不是死板地用某種方法，而是要掌握基本的應用方法和原則。在碰到問題時，應該知道怎樣應用書裡所教導的基本方法，然後針對所出現的那種現象去對治。所以，它教導的都是一些概念式的方法。這些對治部分講得比較詳細的是《釋禪波羅蜜》，不過本書的說明也可以參考。
在本書中特別提出「障」，如果修行遇到障礙，多是惡業比較多。所以，佛法有講到戒、定、慧三學，我們常常忽略了這個戒。其實戒行守得很好的人，修行時障礙比較少，戒就好像在修行之前，先把修行的道路開好的作用。
如果向來多行善，個性非常善良的人，在用功時會發現到前面的障礙很少；如果經常犯錯，修行到了某個階段，就會出現某種障礙。所以，把戒守好對修行有幫助，這是在真正用功時才發現的現象。
有一個這樣的故事：有一個人，每次在修行進入比較好的境界時，會在那個境界裡看到一頭牛往他撞過來。他便告訴他的老師，他的老師問他以前可有做過很大的壞事沒有？他才想起他殺過一頭牛，所以這個業便在那邊障住他前進，這便是真正的業障。在這種情況下，可以用懺悔法門慢慢去消除。
如果修行時每次都碰到這樣的情形，或整條路都是這些障礙，這樣修行起來會很累。因此，在行為方面，如果能夠先做好準備工夫，多做布施、放生等善事，增強用功的福報因緣，修行時會比較順利。如果已在修行，以前有無做好準備不知道，所造的惡業也不知道，現在遇到了便要面對它，不能逃避。
有時障礙是生理上的，譬如體質比較弱的障礙較多，導致關鍵時，生不起足夠的力量衝過。在修行的過程中，到了某個關鍵，要有足夠的意志力、體力來幫助，因為身心是合在一起的。有些人體質差、意志力又較薄弱，就沒辦法把體力提起來。但是在修行的過程裡，能夠把身體調好，也是很好的。
當自己一直往上提昇、用功的時候，會發現到身體所給的扶助比較大。但它也可能是一種障礙，也就是「報障」，因為這是業報所得的身體。這裡所講的重點，多數是放在心地工夫上。報障分成三種：（1）分別覺觀心；（２）昏沉、睡眠、散漫；（３）身心急氣，粗心流動。
一、分別覺觀心
所謂分別覺觀心，就是比較散漫的心，比較會思考而且聯想性很強。這種分別覺觀心很重的行人，可以用數息的方法（數門）。
二、昏沉、睡眠、散漫
散漫就是懈怠，昏沉時會有一點懶散的樣子，那個時候就用隨門。數息時重點是放在數，呼吸是一種幫助你的動作；隨息重點則是放在呼吸。在數息的時候，數目字給人比較具體的感覺，而呼吸的進出比較流動式，要捉緊一點，對昏沉也許有一些幫助。但是不同的法門，教導不同的對治昏沉的方法。
如果用止的方法，便是把心提到髮際來。另外一個方法，便是故意想一些東西。昏沉就是因為心沉靜下來，不想東西而要進入睡眠的狀態，所以故意把念頭提出來活動以提起警覺來；或洗個臉，起來做點運動。
有一部經中這樣說：有人問佛陀，昏沉時應該怎麼辦？佛陀答：可以用洗臉、運動等方法。如果都沒有用，只好睡覺。因為一般的昏沉是因為睡眠不夠，精神比較差一點，因此就直接去睡個大覺做大休息。大休息也是一種方法，讓整個人放鬆下來，進入某種睡眠狀態，但是時間不要太長（不要超過十分鐘）：起來後，感覺上精神會比較好；對治昏沉時，書本上的方法，有些可用，有些不可以用。睡眠充足，精神會比較好；或是用功用得好，也比較不會昏沉。
工夫用得好一點，一上座數息便能數得好，能進入某種狀況，就等於在休息，甚至比睡覺的效果來得好，因為比較警覺。但畢竟還是色身，仍然要躺下來。因為坐時上半 身尚保持警覺狀態，沒有完全休息，除非入定。即使入定，因為還要支撐著身體，就要用些力，而有某種警覺的作用，故不能完全休息，唯有躺下，可以讓整個身體放鬆，才算是完全休息，起來後精神便會很好。
三、身心急氣，粗心流動
如果氣喘、氣粗或心比較散漫時，可用止門。從動作可看出心是粗還是細，譬如有些人在運動時做得很仔細和專注，有些人則粗手粗腳的。有些人下座時，一步一步地按摩，毛巾慢慢地摺，心也細；如果動作粗，心也粗。如果用功到心念很細，在下座時會感覺不需要這麼快，動作不需要這麼粗，摺毛巾也會慢慢的，把坐墊拿到旁邊等動作都是輕手輕腳的。
有些人還勉強能忍，忍到引磬一敲，腳也同時就放下來了。從這可以看到心是多麼地粗，所以用功很難用好，有如此現象，可用止門。煩惱障中的貪與瞋就用觀門來對治，即不淨觀和慈悲觀。還門是因緣觀，是對治愚癡的煩惱。
對治業障可用淨門，即念佛觀，分為三種。
對治業障的是淨門，全歸在「念佛」，這裡的淨有真常的意思，比較接近如來藏的思想。念佛有三種，即念佛的三種身——應身、報身和法身。業障裡面有一種黑暗的業障，像在用功時忽然間一片黑暗，這就是一種業障的現象。能有白光或亮光會比較好，但是如果是亮則必須注意，要看是否是真的光；如果看了之後感覺不舒服，或感覺有種壓力或很難忍受，這些都不是好境，即使看起來像光一樣。
好的境界，讓我們的內心很自在、很清淨、很安詳。如果忽然間整個黑茫茫，是一種業障的現象。業障出現的時候就念佛，不管念應身佛、報身佛還是法身佛都好。總 之，業障多可用念佛去對治。後來，五停心觀便將我慢、我執比較重的換成（可能到了中國佛教就換成）了多障眾生，也用念佛觀取代了界分別觀；就是說，業障比較重的眾，生就用念佛的方法。佛是光明，可以對治黑暗；佛也是智慧，有圓滿功德，在念佛時即是念佛的智慧、佛的圓滿功德和光明。
業障一般是指黑的、不好的，念好的東西就是讓心安置在好的一面，可以對治不好的。修念佛觀可以對治恐懼心，因為恐懼也是一種黑暗、一種業障。後來到了中國，這個觀法跟淨土法門結合，變成一談到念佛，就以為是念佛號；一講念佛、淨土，好像只有念「阿彌陀佛」。其實早期不是這樣，它有它自己的方法。其實念佛號也算是一種方便，因為佛的種種功德經典中講得太多，要作觀想就很難。佛號往往多代表佛的特殊功德，每個佛號都有代表性，所以念佛號時便是在念佛的種種功德，這是一種簡化的方法。如果無法用比較深的方法，這個簡化的方法還是可以用。在修行時，如果忽然間有一種恐懼的感覺，就可以默念佛號；或是有黑暗的現象出現時，也可以默念佛號。
淨門是佛，念淨就是念佛，當然這是一種對治方法，可以幫助我們在修行時面對問題。至於要念應身佛、報身佛或法身佛？要對這些佛的種種現象有了解才用得上，現在最簡化的是用釋迦牟尼佛或者菩薩的聖號來代表佛和菩薩。
要修行就應該多參考這些對治的方法，把握一些根本的方法。如果出現某一些毛病，就可以應用它們來對治、調伏，使得心地工夫能更進一步，或者使這些毛病減除。
