明白了坐禪的目標之後，就可以開始用功了。先談第一個階段：「轉化妄念」的用功方法。
「轉化妄念」的方法主要有二： （一）是調身，（二）是調心。調心又包含二法：①是正確的運用方法，②是正確的對待妄念。
（一）調身
先談（一）調身。調身的目的就是要使身體回復到它本來的狀態 —— 輕鬆、愉悅中。
如何調身呢？首先必須注意的，就是要坐的舒適。坐法以「毗盧遮那佛」七支坐法爲準，雙盤或單盤，乃至散盤都可以。臀部必須墊高，高度隨人而定，一般來說，雙盤者不必太高，單盤者就必須較高一點；已有一段時間坐禪者不必太高，初學坐禪者就要高一點，坐習慣了，再調低；年輕或身體健康的人不必太高，年紀大或者體弱、多病的人就必須高一點。總以坐的舒適，脊骨不會彎曲爲主。
坐墊的高低調理好了之後，就可以坐禪了。坐禪有三要領：緩慢、輕鬆、自然。坐下來之後，不要急著用功，必須先休息一下，讓身體適應坐姿。然後，身體前後、左右輕微搖動幾下，使全身輕鬆，尤其是頭部，乃是人身的發號台，頭部輕鬆了，全身就容易輕鬆。因此，頭部必須多搖動幾下，注意有沒有輕鬆。
身心正常的人，只要如此搖動幾下，全身就會輕鬆了，如果還不能，就必須再加上補助的方法：如觀想、呵氣、鬆緊法等等。方法因人而異，難以在此詳述。
調身的目的，就是要使身體輕鬆。在整個坐禪的過程中，身體必須都處於輕鬆狀態中，這點有心要坐禪的人，必須注意。身體輕鬆了，心理就容易寧靜，用功自然容易相應；身體不輕鬆，不但心靈靜不下來，身體也容易出問題。因此，在坐禪過程中，必須常常觀照身體，使身體處於輕鬆狀態中。但是，話說回來，卻不可執著輕鬆、不可要求輕鬆，如此，反而會輕鬆不了。所以，要以自然爲主。
一般的靜坐法，除了調身之外，還要調息，但中道禪坐法主張不必調息，呼吸順其自然就好。不必管它，等到身心寧靜了之後，呼吸就會緩慢而細長，不調而自調。這是採取間接調息，不必直接去調息，如此，比較不會出問題。
（二）調心
等身體調理好了 —— 輕鬆舒適之後，心理也就開始寧靜起來，此刻就可以正式進入用功 —— 調心了。調心的目的就是要使心靜下來，進而由靜入定，再由定而使心回復到它本來的狀態。那麼，心要如何調呢？前面曾談到調心有二法：①是正確的運用方法，②是正確的對待妄念。
先來談 ①正確的運用方法。
所謂的方法，就是用來轉化妄念的。初步坐禪的人，不可能沒有妄念，有妄念要怎麼辦呢？沒有關係，把它轉化成正念。
妄念本身是沒有什麼好壞的，縱容它，讓它胡思亂想，成爲煩惱，乃至造業，這妄念就不好；但是沒有妄念的話，我們也不能修行、不能成佛。修行以至成佛，還是要靠妄念，端在我們正確的運用妄念而已。修行就是要運用妄念 ── 這也就是一般人常說的「借假修眞」。
要如何運用妄念 ── 乃至於正確的運用妄念呢？首先，必須有個方法。這個方法是根據各人的根性所作出的、適合各人用功的方法。因爲各人的根性、習氣、業障，都有所不同，修行的方法也就不可能一樣。因此，必須各別指導；同時，有些人只要一個方法就可以修的很好了，有些人卻必須還有補助的方法，這就有賴於學習者的用心了。
當學習坐禪的人，得到了一個適合自己根性的方法之後，還必須懂得正確的運用它，要不然，方法只是個死的東西。如何正確的運用它呢？我們就以唸佛來說，唸佛是在一種輕鬆、自然的狀態之下來唸的。佛號本身也是一種妄念；但，它是正念，而且，是有規律的。因此，唸的適當，我們心中其他的雜念、妄想就會逐漸減少，身心就會越來越寧靜。至於如何唸才是適當？由於各人的情況不同，這又必須各別指導了。
現在再來談 ②正確的對待妄念。
這裏所說的妄念，就是指：我們在用功的時候，心中不時浮出的雜思妄想。例如：在唸佛的時候，一方面唸佛，一方面各種雜思妄想紛至沓來，干擾到我們的用功。這將如何是好呢？
首先，我們要建立一個正確的觀念：只要還是人，就不可能沒有妄念，除非已成佛，那就另當別論。妄念是人心的作用之一，藉著妄念，我們才會有一切活動；同時，要知道初步坐禪的人，也不可能沒有妄念的。所以，第一階段的坐禪只在「轉化妄念」—— 將妄念轉爲正念，使衆多的雜思妄想單純、減少就可以了。
修行並非要斷妄念，妄念是不能斷的。妄念是本性的作用，妄念如果能斷，本性亦滅。所以，妄念是用轉化，不是用斷的。同時，妄念既然叫做「妄」，那就表示它是虛妄不實的東西，不是實在的；才生即滅，念念生滅，又何必斷呢？這不是妄上加妄嗎？就算要斷它，因爲它是虛妄的，又從何斷起？也是斷不了的。
所以，知道了妄念是虛妄不實，才生即滅的，就不必去斷它，只要不執著它就行。因此，坐禪當中，有妄念是沒有關係的，只要不特意要排除它，那麼，妄念並不會干擾我們的用功。
以唸佛爲例，唸佛是在輕鬆自然之下來唸佛的，不必特意要收攝六根也不必要將佛號聽得清清楚楚，更不一定要觀想，心裏只要知道自己在唸佛就行了。唸佛的時候，有妄念沒有關係，知道有妄念就唸佛；但，不要特意去排除妄念，這樣，只會增加煩惱。
有時候，妄念太多，聯想不停，成了妄想，這時可能會忘了唸佛，也沒有關係，想起來的時候再唸就好。如果妄想太強，心靜不下來，就不要勉強唸，眼睛張開休息一下，等妄想消失，心裏平靜了，再繼續唸。
在坐禪當中，我們的妄念是一陣一陣的，當我們將方法運用得適當時，內心的妄念就會逐漸的減少，呼吸也就越來越細；可是，當身心寧靜了一陣子，或寧靜到某種程度時，妄念又會逐漸的浮出，越來越多。這是很正常的現象，只要再適當的運用方法，妄念就會再減少，身心又會再寧靜起來。如此，經過一次、二次、三次……之後，就有可能達到妄念都無，身心十分寧靜、舒適，呼吸類似停止的狀態。此時，就將進入初步的禪定了。
我們人的身心是互相影響的，身體越鬆弛，心靈就會越寧靜；反過來說，心靈越寧靜，身體也就越輕鬆。所以，在坐禪的過程中，身心必須調配好。但，卻不可以執著輕鬆與寧靜，不可求輕鬆與寧靜，否則，會適得其反；乃至於不要執著身心，最好忘了身心的存在，但也不可執著要忘了身心。
第五節 後語
初學坐禪的人，在還不能把握要領之前，不要太勉強，一天只可以早晚各一次，坐的時間也不宜太長，必須以輕鬆自然爲主，太勉強了並沒有好處。
最後，要告訴大家的是：要以平常心來坐禪。坐禪是很平常的一件事，不要求玄求妙，對於坐禪當中所發生的一切現象，都不要執著，「金剛經」說：「凡所有相，皆是虛妄」。雖然，坐禪坐的好，對身心都有好處，但也不要太執著。就像吃飯、睡覺，每天都需要它，是很平常的事，但無形中，我們已從中得到利益；同樣的，坐禪也像吃飯、睡覺一樣，每天都要作的。雖然是很平常的事，但無形中，我們已得到了它的利益，不必要執著才能得到。
