印度古代的極微學說，後世學者譬喻為原子理論。
人類古老的觀念，認為「大地是萬物之母」——萬物自大地生出來。但是，大地又自何處生出來的呢？佛經中告訴我們，山河大地——正確的說，整個「宇宙」、無量數的星球、星系、星雲，全是自虛空生出來的。換句話說，色相——即一切物質現象，全是自虛空生出來的。
虛空中生起宇宙，是不是合乎現代科學理論呢？我們現在可與科學對照一下。
科學知識告訴我們，一切物質，皆由分子組成，而分子是由原子組成。例如水分子是水的最小單位，水分子再加以分析，可分析為兩個氫原子和一個氧原子，分析至此已不再是水，只是「原素」。基本原素有一百零五種（近年又有新元素發現），如金、銀、銅、鐵、氫、氧、氮、氦等，也就是說，宇宙間有一百零五種性質不同的原子。
原子英文Atom，其最初的原意是「不可分割者」，過去科學家以此為最後的質點。但是由於科學的進步，發現原子是由帶有正電、質量比電子大的原子核，及圍繞原子核飛旋的電子所組成。原子核的半徑為原子的十萬分之一，而質量卻佔原子的百分之九十九。原子核是由質子和中子兩種粒子所組成，質子帶正電，中子不帶電，其質量與質子相等；而電子帶負電，其質量只有質子的一八三六分之一，以光速環繞原子核旋轉。每一原子的質子和電子數目相同，以維持平衡。這樣，就說明原子可以分析，不是最後質點。
近年科學突飛猛晉，目前所知，物質最基本的組成單位是輕子、光子、夸克（Quark）。原子以下的次原子層，不是物質，只是「能」。「能」存在於何處呢？能即存在於虛空中。紐約世界宗教研究院長沈家楨博士，在其《金剛經的研究》一書中說：「在愛因斯坦以前，科學家說世界上的一切，可以分為兩大類，一是物質，二是能。物質之間可以互相變換，譬如水可以變冰，冰也可變水；能之間也可以互相變化，如電可以變光、變熱，光、熱也可以變成電。可是物質和能是兩件基本元素，不能互相變換。一直到愛因斯坦用數學計算，發現物質和能也可以互相變換，這就是著名的E=MC2方程式。最初很少人相信這個說法，直到原子彈（物質）爆發後，變成大量的熱和光，再也沒有人懷疑物質是能的理論了。如此一來，宇宙間的一切，都是「能」，在各種不同條件下變現出來的現象。
沈博士在同書中續說：
「在二十世紀初期，人們認為原子是宇宙間最小的因素，小到不能再分，它好像是一個實體的單位；直到近百年來，由於核子能的發現，才知原子也是人假定的一種「能」的表象而已。其實這些都是「能」，因種種因緣而顯現出來的表相。」能的英文稱為Energy，這是人定的一種名詞，是人類用來表示這種作用的一種概念，至今尚沒有嚴格的定義，說明Energy究竟是什麼。但是，以佛學的眼光來看，此「能」就是唯識學上所稱的「功能」（種子），也就是宇宙萬法生起的根荄。沈博士在上第二段文字中續說：
「…. 其實這些都是「能」，因種種因緣而顯現出來的表相。人類就因為這種變化多端的表相，而生出複雜的情緒，造成社會的喜怒哀樂。依佛法講，業報因果，生死輪迴，無不由此而生，實則都是能的變化，並無實質。」
