通別六妙門講到五種不同的層次，其中有兩種是凡夫的境界，三種是聖人的境界；聖人的境界，又分成小乘和大乘。
在修數息或是隨、止、觀、還、淨的時候，有五種現象可能出現。這要看你發心如何？立下的志願是什麼？
一、鈍根凡夫
有些人修禪是為了身體的健康，有些人則是貪取禪定的境界，不在提昇或上進，修到最高無想天上去，不能夠超越，這就是凡夫禪。
二、利根外道
有些根機比較利的外道修行者，由於所見不同，所立下的目標又不正確，雖然在修行上也有成就，不過這也只是外道禪。
有些人學了一些東西，沒有正見，就變成外道法。世俗的世間法，不能夠提昇它的價值，就是因為很多人在修行時不腳踏實地，要求神通、感應。
三、聲聞乘
在修聲聞的數息相時，就要發出離心，要求涅槃。在用這個方法時，先要調心，然後作四諦法的正觀止觀，觀四諦法、四念處法、三法印。這些都是你在修行時的方向，出離心能發，表示你的目標決定下來，修禪定時能了了分明，進而修四諦法、八正道，那就是聲聞的六妙法門了。
四、緣覺乘
如果是緣覺，就要觀十二緣起，取自然慧。緣覺乘比聲聞發更深的出離心，修行的人深知諸法因緣，所以不攀緣，遠離世間，和大自然接近。
在數息時知道數息就是有，有緣於取，取緣於愛，愛緣於受，受緣於觸，觸緣於六入，六入緣於名色，名色緣於識，識緣於行，行緣於無明。到這裡就起觀想，觀了就斷 無明。通過這六妙法門裡的任何一個法門去觀十二緣起，就是緣覺。
五、菩薩乘
菩薩乘就不一樣了，菩薩的數息是為求一切智、佛智。佛智裡面又有自然智和無師智，例如如來的知見，如來的力、如來的無所畏，這些都是如來的功德。他愍念無量眾生，為使他們得到安樂，所以修數息。
如果要用這法門而入一切種智，就要入禪定，修數息觀。入一切種智就是佛了。聲聞和緣覺是求一切智，菩薩則修道種智，圓融以後就是一切種智，三種智慧。所以修菩 薩道時，要先修一切智和道種智，最後圓滿就是一切種智。
要修菩薩道的六妙法門，就要念念以眾生為重，如此在修行時就能成就自己，也成一就眾生。
我們在修行時，即使用同樣的法門，但是如果觀念不一樣、知見不一樣、發心不一樣，就會有不同的成果。在印順導師的著作裡，我們常常能得到一個提示，那就是在修行時要用理論來作基礎，然後用正見來領導，這樣才不會出問題或有差錯。
修六妙法門，我們知道有凡夫的境界，凡夫中又有外道；還有聖人的境界，聖人又可分小乘和大乘；小乘又分聲聞和緣覺，大乘則是菩薩道。這裡所講的「通別六妙門」，就是說這個門能通於一切，在應用時，愈高層次的法可以涵蓋下面的法門，但是它卻跟它們不一樣。所以，我們有五乘共法、三乘共法，但是到大乘時是大乘不共法。
