對治的方法如何呢？就是反其道而行，以跟習氣相反性質的「法」來對治。因此，要消除惡習氣，就必須多行善事功德 —— 以善業來對治惡業。善業造多了，自然養成一種行善的習慣性，無形中，惡的習氣便被取代。
同時，造作了善業，善業就存入心中，成爲善種子，善業越多，八識田中的善種子也就越多，漸漸的也取代了惡種子。如此，時間一久，心中便無惡習氣、也無惡種子，只有善良的習氣和種子，於是，自然而然的，就不會再有不對的行爲出現 —— 不會再造惡業了。
那麼，要如何來修習這對治方法呢？
首先，我們先對自己的善惡業作個記錄。當內心有了惡念妄想，或口上、身上的惡業，就記下「一」、「ㄒ」、……，以「正」字筆劃不斷的記下來；同時，是什麼惡念或口業、身業，也要記下來。例如：貪慾、瞋恚、不滿、我慢、我見、我執或妄語、偷東西……，如此，可以讓我們清楚自己又哪些煩惱惡業，才好加以對治。在記錄惡業的同時，也將一天所作的善業記下，最好身上帶個小簿子或紙張，有了善業或惡業，隨即記下，這樣雖然麻煩了一點，卻能隨時警惕自己，不敢鬆懈放逸，時時誠心正意。必須如此，才能止惡從善，不當的行爲方能減少。
每天對自己的善惡行爲都加以記錄，到了晚上，拿出來比較一下：惡 業共有多少？善業又有多少？是善業多？還是惡業多？大多數人都會發現：惡業多於善業。善業的數量簡直不能與惡業相比 —— 惡業的數量在善業的幾倍之上。
如此，自己能不惶恐嗎？惡業既多於善業，往後的果報是好、是壞，就不用別人告訴我們了。惡業旣多於善業，也表示自己的修行 —— 止惡從善不夠精進，如此就要心生慚愧，加功進行。當然，善業不多，不能與惡業成正比，也表示自己的善根、福德不夠，更要慚愧，必須從消極的止惡從善，轉而積極去行善，找尋善事功德來做。
