貳、依師已如何修心次第
貳、依止已如何修心次第
如何取其心要之理分三：
一、即共下士道次的修心
二、共中士道次的修心
三、上士道次的修心。
上士道次
上士道次的修心分二：發菩提心之理、發心已修習菩薩行之理。
發菩提心之理
初者『發菩提心之理』分二：正發菩提心、受持發心儀軌之理。
正發菩提心
第一『正發菩提心』分二：由因果七教誡的發心之理、由自他相換的發心之理。
由自他相換的發心法
自他相換的發心法分二，即一、座上修時如何行持之理，二、座下修時如何行持之理。
第一、座上修時如何行持之理分三，即前行、正行、後行。
首先前行，「皈依總集上師天中天，能仁金剛持佛前祈請……。」云云，以上如前。
而後，願我與一切如母有情的心續，都能生起愛他勝自的菩提心寶。祈求上師佛加持……。以祈請故，觀想從頂門上師佛身普降五彩甘露光芒，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障——特別是把生起愛他勝自的菩提心寶作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起愛他勝自的菩提心寶。
其次正行，對一切眾生，先修習三項法行：心平等捨、知母、念恩。
而後，清楚地緣念著自己周遭的一切眾生。在自心上，自與他二者於誰執愛、於誰棄捨？一番思維觀察，發現原來是執愛自己，棄捨他人的心油然生起，此時應作思維：
執愛自己棄捨他人並不應理，那是因為自他兩者願求安樂、不願求痛苦原是殊無二致的，當如執愛自己一樣的執愛他人；就像他人執愛我，我感到歡喜，我執愛他人，他人也同樣會感到歡喜。此外，自己雖然願求獲得圓滿，但因無始以來執愛自己，不但不能成辦自他二利，反而蒙受了各種痛苦，因此，執愛自己確是輪迴、惡趣苦等一切衰損的生處，於執愛自己，當未生令不生，已生令作斷除；（與此相反）執愛他人則是一切功德的來源，於執愛他人，當未生令新生，生已令作增長，如此有力行持，祈求上師佛加持……。
以祈請故，觀想從頂門上師佛身普降五彩甘露光芒，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障——特別是把生起愛他勝自的菩提心寶作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除，身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起愛他勝自菩提心寶。
要言之，大能仁因為棄捨自己執愛他人，唯一行持利他之行，所以才現證圓滿佛果；如果我也如此行持，早就成佛，但因我從來不曾如此行持，迄今仍然遊逛輪迴，仍然衹是深固地堅住於執愛自己，不新生起執愛他人——即使生起，也是不能持續。為此，現今我剎那頃也不生起執愛自己棄捨他人的心，應當棄捨自己執愛他人；他人的所有痛楚與罪苦盡皆取受在我心續，我的所有安樂盡皆施捨他人，所有他方眾生的離苦與具足圓滿安樂悉當由我荷擔承辦。
然而，（至為明顯），像我現在的情況根本是沒有能力荷擔承辦的，誰有能力呢？唯有圓滿佛陀具有。因此，我為了一切如母有情的義利，必當取證無上正覺佛位，如此有力行持，祈求上師佛加持……。
以祈請故，從頂門上師佛身像一盞燈火引分為二，化現出第二尊佛，融入自身，在八隻駿獅橕起的高廣寶座，有各種蓮華日輪月輪的座墊上，從「自身為釋迦牟尼佛……」到「……雙足金剛跏趺坐。」逐一觀想，並且在清楚自己為大能仁之上，身軀、受用、善根等悉化現為五彩甘露光芒的外相，施捨一切眾生；觀想一切眾生因此獲得了增上生及決定勝的圓滿安樂。
受持發心儀軌之理
受持發心儀軌分二：一、座上修時如何行持之理，二、座下修時如何行持之理。
第一、座上修時如何行持之理，分三：即前行、正行、後行。
首先前行，「皈依總集上師天中天，能仁金剛持佛前祈請……。」云云，以上如前。
而後，願我與一切如母有情都能發起願、行最勝菩提心，修學菩薩學處，祈求上師佛加持……。以祈請故，從頂門上師佛身普降五彩甘露光芒，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障——特別是把發起願、行最勝菩提心、修學菩薩學處作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起發起願、行最勝菩提心、修學菩薩學處的特別證悟力。
其次正行，分二，即（一）未得戒令得戒之理；（二）得已不毀損的守護之理。
第一未得戒令得戒之理，菩提道次第中，願、行兩種律儀雖依次第求受，但如寂天菩薩的宗規，一齊同受，則較易於趨行。彼修習之理——即是於總的前行次第，特別是從依師之理到菩提心的所緣——務必令諸所緣法行與自心相應，在正修習著頂門上師佛之上，我為了一切如母有情的義利，必須取證無上正覺佛位，為此，時由此起直至得具菩提藏之際，應當守護菩薩戒，修學諸偉大菩薩行；為一切眾生義利必得成佛——此菩提心是未證得佛位前都需守護的。
而後，觀想與上師大能仁一齊隨行念誦：
「一切佛菩薩，祈請護念我，一如昔世尊，啟發菩提心，依次安住於，菩薩諸學處；我為利有情，亦發菩提心，依次隨修學，菩薩諸學處。」
念誦三遍，觀想得到菩薩戒。
繼而，念誦：
「我今於此生，善獲人身果，現生如來種，得住菩薩位；我今必須作，隨順菩薩行，於是尊貴種，不令有污染。」生起好樂心。
第二、得已不毀損的守護之理——在正修習著頂門上師佛之上，我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位，為此應思維菩提心的功德，每日三次，夜三次守護菩提心；不管眾生的行徑如何，我終不棄捨任何一個眾生；為增長發心，當勤行積集供養三寶等二資糧。
此外，當斷除四種黑法，即：於上師等作戲笑故而妄語欺蒙、令他為善心生悔意、瞋心對大乘菩薩說粗惡語、以及心術歪曲，狡欺做作等衰損發心之因，進而當依止四種白法等，如理修習增上發心之因。
總之，永都不染犯十八條根本墮及四十六條輕垢罪，如命守護清淨菩薩戒，直至得具菩提藏之際，恒應守護，如此有力守護，祈求上師佛加持……。
以祈請故，觀想從頂門上師佛身普降五彩甘露光芒，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障——特別是把發起願、行最勝菩提心、修學菩薩學處作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生髮起願、行最勝菩提心、修學菩薩學處的特別證悟力。
發心已修學菩薩行之理
第二，發心已修學菩薩行之理分二：於總的菩薩行修學之理、特於後二度的修學之理。
總的菩薩行總的修學之理
初者（總的菩薩行的修學之理），分二：一、座上修時如何行持之理，二、座下修時如何行持之理。
第一、座上修時如何行持之理分三，即前行、正行、後行。
首先前行，「皈依總集上師天中天，能仁金剛持佛前祈請……。」云云，以上如前。
而後，願我與一切如母有情都能如理修學甚深、廣大的偉大菩薩行，祈求上師佛加持……。以祈請故，從頂門上師佛身普降五彩甘露，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障——特別是把如理修學甚深、廣大的偉大菩薩行作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起如理修學甚深、廣大的偉大菩薩行的特別證悟力。
其次正行，分二，（一）成熟自心續的六度的修學、（二）熟他心續的四攝的修學。
（一）成熟自心續的六度的修學，在正修習著頂門上師佛之上，如是思維：
我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位。為此，當毫不顧視敬奉、名聲等，對於正法匱損的眾生，盡己所能地行教示正法的法施；對於遭受人非人、魔怪傷害的眾生，當行由彼怖畏中救護出來的無畏施；對於窮困匱乏的眾生，當不冀求異熟回報，斷除慳吝，行施如其合宜的資具的財施，三種布施法行，悉應如理修學。
要之，我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位，為此，我的身軀、受用及所有善根當不顧惜地施捨一切眾生，如此有力行持，祈求上師佛加持……。以祈請故，從頂門上師佛身普降五彩甘露，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障——特別是把如理修學三種布施作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起如理修學三種布施的特別證悟力。
如所述，增長捨心即是布施的修學。
其次，是尸羅的修學——在正修習著頂門上師佛之上，如是思維：
我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位，為此，我當斷除與斷十惡等自所承諾的律儀相違的種種惡作，不僅在自心上令布施等六度及尸羅等清淨善法未生令生起、已生令增長，也令一切眾生結合著尸羅等清淨善業，安置眾生於成熟、解脫之道，如此有力行持，祈求上師佛加持……。
以祈請故，觀想從頂門上師佛身普降五彩甘露光芒，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障——特別是把如理修學三種尸羅作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起如理修學三種尸羅的特別證悟力。
繼而，是忍辱的修學——即在正修習著頂門上師佛之上，如是思維：
我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位。為此，即使所有眾生趨變為敵，我剎那頃也不起瞋心，應當成辦利益以回報傷害，並令自他心續圓滿忍辱度等佛的種種法行。
此外，當遭致食物、財聚、住處、臥具等匱損，遭致自所不欲的病痛等時，應想：這些痛苦的蒙受原是我往昔積造惡業的果報，依著此諸果報，淨除了許多惡業，其實也沒什麼不好；尤其如果是為了正法而蒙受痛苦，當心生堅忍，依此更得趨近於一切種智之道。所有這些痛苦應自願取受，因為由是得以截斷自他輪迴、惡趣之苦的續流。
另外，如是思維：痛苦的遭遇其實是黑白業的異熟，是三寶的加持，是諸佛菩薩摩訶薩的不可思議力量，是無上菩提，是十二分教，是諸菩薩學處關要——能生起如此信解，果報極大。故如此信解後，為了證得無上菩提，我應如理修學十二分教的所詮知義——諸菩薩學處，如此有力行持，祈求上師佛加持……。
以祈請故，從頂門上師佛身普降五彩甘露，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障——特別是把如理修學三種忍辱作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起如理修學三種忍辱的特別證悟力。
接著是精進的修學。在正修習著頂門上師佛之上，如是思維：
我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位。為此，我應一一成辦莊嚴相好等佛的法行——成辦布施等菩薩——法行；因此即使必須以十萬劫一一恒住無間獄中成就佛位，我也應不捨精進，生起好樂，不僅在自心上聚集甚深廣大的善法，也應安置眾生於善道，令證無上菩提。如此有力行持，祈求上師佛加持……。
以祈請故，觀想從頂門上師佛身普降五彩甘露光芒，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障－－特別是把如理修學三種精進作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起如理修學三種精進的特別證悟力。
而後，是靜慮的修學——在正修習著頂門上師佛之上，如是思維：
我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位。準此：在自性上——有世間及出世間的靜慮；在品類上——有止、觀及止觀雙運的靜慮；在作業上——則有現法樂住的靜慮、引發現證功德的靜慮及饒益有情的靜慮——所有菩薩的靜慮行持，我悉應修學，如此有力行持，祈求上師佛加持……。
以祈請故，觀想從頂門上師佛身普降五彩甘露光芒，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障－－特別是把如理修學三種靜慮作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起如理修學三種靜慮的特別證悟力。
而後，是智慧的修學——在正修習著頂門上師佛之上，而如是思維：
我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位。為此，應當修學通達實相的勝義慧、通達五明學處的世俗慧以及通達饒益有情義利的智慧。——所有菩薩的智慧行相，我悉應修學。如此有力行持，祈求上師佛加持……。
以祈請故，從頂門上師佛身普降五彩甘露，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障－－特別是把如理修學三種智慧作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起如理修學三種智慧的特別證悟力。
（二）熟他心續的四攝的修學——在正修習著頂門上師佛之上，如是思維：
我為了一切如母有情的義利，必須速疾取證無上正覺佛位。為此，當於一切眾生廣行布施，攝為眷屬；以折伏、隨攝的方式而行持宣說正法的愛語；令趨入修習如所宣說的法義的利他；以及如行持向他人宣說的、自亦同需修習的同事。——依著這些成辦利他的種種善巧方便，我應安置一切眾生於成熟、解脫之道，如此有力行持，祈求上師佛加持……。
以祈請故，觀想從頂門上師佛身普降五彩甘露光芒，降注在自他一切眾生身心，把無始來積造的一切罪障－－特別是把如理修學四攝作障礙的罪障、疾病、魑魅等悉作淨除；身變為澄淨光明體性，壽命、福德等一切功德增長，尤其自他心續都能生起如理修學四攝的特別證悟力。
最後，後行如何行持之理——如前。
第二、座下修時如何行持之理，座下修時應觀閱闡述諸甚深、廣大菩薩行的佛經、論疏等，如前。
特於後二度的修學
第二，特於後二度的修學分二：即靜慮的體性——止的修學之理、智慧的體性——勝觀的修學之理。
靜慮的體性——止的修學之理
初者（靜慮的體性——止的修學之理），分二：一、座上修時如何行持之理，二、座下修時如何行持之理。
第一、座上修時如何行持之理，分三：即前行、正行、後行。
首先前行——行者應具備總的前行次第，特別是，應具備中、下士道的修心法行（意樂、加行）；以及在住地妙善、友伴妙善、心意合順的僻靜之地，安住於清淨律儀，斷除與許多眾生、朋儕的太過頻繁的相過往來，斷除種種粗分的貪欲尋思而住，少欲知足。並且，在安樂座上身背直挺，足金剛跏趺坐，雙手結等持印，氣習平順出入……等，所有這些修止的因緣先行修習完後，即趨入正行。
正行時——雖然說有多種修習止的所緣境，但主要以隨念佛為最殊勝，且以佛身為所緣，亦得成為堪能修習密乘本尊瑜伽的法器，等等，有許多需要，因此以佛身為所緣最為妙善。
彼修習之理——即觀想從頂門上師佛心口——像珠網的光芒芒端，有各種蓮華日輪月輪的座墊上，從「釋迦牟尼佛，身色金澄……」而至「……金剛跏趺坐。」逐一緣念。佛身化為穀粒大小，在自己肚臍處前方虛空端坐，於此一心專注緣念修習。
或者，觀想：從頂門上師佛身像一盞燈火引分為二，化現出第二尊上師佛，融入自身，在八隻駿獅橕起的高廣寶座，有各種蓮華日輪月輪的座墊上，從「自身為釋迦牟尼佛……」而至「……金剛跏趺坐」，逐一緣念，觀如天空彩虹，顯現而無自性，於此一心專注緣念修習。
如果此時，自己想要觀修黃色的佛身卻現紅色等顏色、想要觀修端坐的外相卻現站立的外相；想要觀修一尊卻現多尊等等，當發生這種情況時，不應隨行，應一心專注緣念原先根本安立的所緣境而作修習。
即使開始並沒有得到極為澄明清晰體性的分明，如果整體佛身僅僅現出一半餘的明晰，也應作一心專注緣念的修習。此外，不管一座之期的久暫，不應現起一點昏沈掉舉，如果現起，馬上覺知，生起強烈的欲斷止之心，而一心專注安住所緣——並且必須心不忘失所緣，正念憶持憶持。心於彼所緣的持續守護，實則是初業行者成辦心的住分的勝妙方便。
要之，如果想要修習清淨三摩地，則如所說：「斷五過失八治行，由彼依止因而得。」必須依止斷除五種過失的八對治行而成辦。因為此中加行三摩地之時，懈怠是過失，故彼對治共有四種，即：見知三摩地功德的淨信、欲求三摩地的欲求、尋求三摩地的精進及勤求之果——輕安。
精勤修習三摩地時——忘失教授是過失，彼對治是正念——然而正念不能僅僅以不忘失所緣境為喜足，應在一心專注緣念所緣境而具足定解堅固的執持力。
當等持修習三摩地時——沈昏、掉舉是過失，故彼對治是正知，以當由正知善予觀察昏沈、掉舉的染及與不染及。最佳的情況，是心將染及昏沈、掉舉即能覺知，有力斷除；中等的，是一染即斷；最下劣的情況，也必須是染及沈沒掉舉的時間並不長久，即能覺知而予斷除。
那麼，昏沈與沈掉二者差別為何？
若於所緣境不清楚，身心現起凝重之相，是為昏沈——此時心境有如墜墮黑暗般。若心雖然不為其他所緣境散奪，但卻失卻澄分與明分，正念力微，這是粗昏沈。至於雖具澄分與明分，但於所緣境的定解的執持力稍趨無力，則是細分沈沒。這些過失的對治——是應憶想三寶功德、作意光明相、以及行持心氣虛空融合的教授。
當心於所緣境不能安住不動，稍為散奪，是細分掉舉，彼對治——是依正知正念而作修習。而倘若即使依止正知正念仍不能安住，仍為諸貪境所散奪，則是粗分掉舉，彼對治是修習無常、三惡道苦、輪迴苦及行持種種強力摧治掉舉的教授。染及沈掉時，不作對治行是過失，彼對治——是一染及沈掉，即予了知而依止作斷之行。
此中，如果心於所緣境太過猛利地專注攝持，而具明執之力，則雖有明分，但因猛利掉舉的緣故，卻難得住分。若極未執持而放鬆，則雖有住分，但因猛利沉沒而至難得明分。因此，應觀待、推敲自己的經驗，如果知道因太過上昂，想即有生起掉舉之虞，則少分放鬆；反之，如果知道僅僅如此安住，想即有生起沈沒之虞，則應少分上昂，如此即得適中。
總之，心對於沈、掉二者的調適分際是——若心為流散掉舉所染，即求住分；若具住分，卻染及沈沒，即求具足執持力的明分，如此則二者交替運作而守護，即可成辦無垢三摩地了。如果不具足定解堅固的執持力的明分，僅僅是澄明，是不應依信的。
而當如是細分的沈、掉都已斷止，卻仍然令心繼續趨入三摩地，彼時作對治行是過失，故彼對治——是不作沈、掉的對治行，放捨而安住。由於以像如此的修習之理而善為守護，而得依次獲致九住心後，就是得到具足身心輕安的奢摩他了。
最後，後行如何行持之理，如前。
第二、座下修如何行持之理，座下修時應觀閱闡述奢摩他之理則的佛經、論疏等，如前。
