第三章 斷惑的方法
『斷惑』就是斷除惑障煩惱，趣向悟道的意思。在五性之中，菩薩種性本來就具足了成佛的種子，但為什麼老在生死海中，層出不休而不出三界呢？這是因為無始以來，被煩惱障的有漏雜染種子熏習，致使無法開發無漏清淨種子的緣故。所以菩薩一方面要修習唯識觀，一方面亦必須斷除煩惱種子的雜染法。這種斷惑的路程，即所謂的斷道。『斷道』共有三種：一為：自性斷、二為：離縛斷、三為：不生斷。“自性斷” 就是：斷除染污的自性，連根拔底使其根絕的。
染污法是通於心、心所，而不通於色法的，所以這裡的斷是：指煩惱種子而言。“離縛斷” 就是：斷一切有漏雜染法之意。即：有漏善與無覆無記法（通五蘊）。例如：有漏的前六識是以染污的第七識為所依的，所以其所依亦受第七識的影響，變為有漏。這一俟第七識的煩惱斷盡，前六識的有漏法，才會自然而然地自斷不生。
有漏法，不過是由於煩惱的繫縛染污故，若斷其能縛的煩惱，則所縛的有漏，亦自斷不生了。因此叫做離縛斷。“不生斷” 就是：在因果二法中，斷一法時，其餘諸法亦不生的意思。
這有二種情形，一是因亡果隨亡（喪），二是果盡因隨漏。因亡果隨亡是指：由於斷惡趣因的惑業，其總報惡趣的阿賴耶識亦永不生之意。果盡因隨斷就是指：惡趣總報的阿賴耶識既然斷盡，那麼，其別報（依報）的果法，亦失其所依而自斷了。凡是唯識的行人都必須經過上述的三斷，方能斷盡一切有漏染法，以證無漏淨法。但由於煩惱的潛力非常執拗，到底是不容易根除的。因此，必先制伏現行，令其作用不起後，再斷其種子，然後三捨習氣。這叫做：伏現行，斷種子捨習氣。依煩惱的種類，伏、斷、捨的時期各異故，必須把：容易捨斷的先捨，而把難於捨斷的留於後，再慢慢地設法根除。
例如：分別起與俱生起的二障中，分別起的二障是由外緣生起的，所以只與第六意識相應。又其體相亦較粗顯故，於見道前即可制伏現行。至其微細難斷的種子和習氣，就於見道時捨斷。蓋這是見道所斷故，叫做 “見惑”。對此，俱生起的二障是無始以來熏習的，同時又與前六識及第七識相應故，其體微細而難斷了。因此，在見道前先制伏前六識，與俱生二障的現行。其他的現行、種子、習氣，則於見道以後的修道伏、斷、捨。蓋此為修道所斷故，叫做 “修惑”。在修惑中，煩惱障是不障礙菩提的，所以不必地地漸斷，可至金剛心時頓斷。蓋菩薩之所求是菩提智果，所以煩惱障就可暫時置之不顧，先斷所知障。這就是悲增的菩薩，於七地前故起煩惱，潤生的理由。斷惑的位次如下圖示：
