第一節 種子的意義
凡一切有漏、無漏的色心諸法，無不從第八阿賴耶識中的功能開發而來的，這種能開發的功能就是所謂的種子。但種子的條件必須具足：剎那滅、果俱有、恆隨轉、性決定、待眾緣、引自果等六種性質才行。這就是所謂的種子六義。“剎那滅” 是：種子必須剎那剎那生滅變化之意。為什麼呢？因為：因果是在生滅變化上假名的，所以像常住不滅的無為法，就不能附與因果之名了。“果俱有” 是：指種子雖然必為剎那生滅，但其所生的果，則必須要能生、所生二條件的和合方行。換句話說：種子現行的時候，其能生的種子和所生的現行，都必須同時俱有，而不得相離。即要因果和合。
“恆隨轉” 是：種子非但要剎那生滅，同時還要相續不間斷之意。在諸法之中，惟有第八識有上述六種功能，故種子當然也要跟隨第八識流轉了。“性決定” 是指因果性必須相同，不得相違之意。例如：善因善果，惡因惡果，決不可混亂。“待眾緣” 是：種子必待種種助緣的和合始能發生果報，決不能單獨現行之意。這是針對外道所執的自然頓生的迷執而立的。“引自果” 是：指種子除有了上述五義之外，必須要色心各自引生自果之意。就是說：色法由色法的種子生，心法由心法的種子生，絲毫不能差錯。這是針道所執的：萬法由大自在天一因生的迷妄而立的。
上述的種子六義是繼承〈瑜伽論〉的思想而來的，若把它匹配於瑜伽所說的種子七相，其關係即如下：
第二節 種子的分類
上述的種子可分為二類：一為本有種子，二為新熏種子。本有種子是：無始以來就在第八阿賴耶識的自體中具足，而能開發萬法的功能勢力。「功能」就是種子的別名，同時，也是表其特性的。這在哲學上叫做性能。「能」是含有力量和作用的意思。正如一芥子中含藏無量種子的功能一樣，有龐大的性能。因這是先天固有的，所以一名本性住種。新熏種子是：與本有種子相反，不是原來有的，而是互相熏習而來的。
這是由於七轉識的作用，在第八識的自體中，再為熏習現行的習氣，故一名習所成種。諸法的發生，除了見道初剎那的無漏智，只從本有種子生起外，其餘的一切法，無不由本有、新熏二種子的和合而生。種子由其性質，復可分有漏、無漏兩類。“有漏種子” 又有二類：一叫名言種子，二叫業種子。這一名等流習氣、異熟習氣。若把等流習氣配以名言、我執二習氣，加上異熟習氣的有支習氣，即為三種習氣。名言種子又有：共相、不共相二類。業種子亦有：共業、不共業二類。“無漏種子” 則有：生空無漏、法空無漏、二空無漏等三類。或由修行的位次分為：見道無漏、修道無漏、無學道無漏等三類。總之，種子的種類很多，異名亦多，性能更多。現僅將主要的名目條例如下：
“等流習氣” 是：由於七轉識的善、惡、無記等作用，所熏習的種子，係指：能生八識三性諸法的親因緣的種子。等流的“等”是相似義，是名於因（種子）的。流是流類義，是名於果的。這是依主得名。即從似果之因，發生之果。例如：由善因引善果，由惡因引惡果，由無記因引無記果等，就屬於此類。這又有二類。一叫：表義名言，二叫：顯境名言。表義名言是：依音聲上的名、句、文等言語，來詮表色心等諸法的體義，而在心上浮出的相分熏習的種子。
例如：相應尋、伺心所的第六識，能緣其名言、熏習三性的種子，因此，叫做名言種子。顯境名言與表義名言剛剛相反，是不依名、句、文等言語來了知一切心識，而由見聞覺知的作用所熏的種子。它雖然不依名言，但其功能有如名言的詮表故，叫做顯境名言。對顯境名言的熏習遍及了七轉識的心、心所，表義名言的熏習，只限於第六識的尋，伺相應二心所。因為：緣名言屬於第六識相應的尋、同心所的職責之故。
“異熟習氣” 是：有漏善惡的前六識所熏習的種子。指：從善能招感異熟果的增上緣的種子。異熟就是：由善惡之因，引生的總別二報的無記果。這普通叫做：「因是善惡，果是無記」。習氣就是：熏習的氣分。異熟（果）之習氣（因）是依主得名的。就是幫助第八識和前六識一分（異熟生）的三界異熟種子，使其發生果報的善惡業種子。這為異熟果之因故，叫做異熟習氣。它又為業種子的原因。即為善惡業所熏習的種子故，叫做業種子。異熟習氣的體是第六識相應的思心所的種子，思種子令心、心所變為善惡法，使其發出善惡業，熏習自種子於第八識。
思種子復有二種功能。一為：生自果的功用；二為：助其他羸弱的無記種子，發生現行的功能。前者屬於名言種子，後者屬於業種子。無記種子的性質是極為薄而毫無能力現行的，所以必假業種子的助緣始能發生作用。反之，善惡二種子的性質是非常強烈的，所以能引生自類果。這種能生自類果的叫做名言種子，能幫助其他無記種子發生果的叫做業種子。此二者雖然不是異體，但為了易以說明，在作用上立了二種名稱。無漏種子是：於見道、修道所起的無漏智的種子，這雖有多種，但今從略。對本有、新熏二種子的見解，古德的見解有很大的出入。例如：護月主本有，不立新熏；難陀、勝軍即取新熏，不立本有；護法則取二者的合生說。一般都以護法為正義。
第三節 種子和第八識的關係
如上述，種子是藏於第八識自體中的生果功能，並非離了第八識另有異體的存在。那麼，種子和第八識的關係，究竟如何呢？關於這，『唯識』說：應由二種（不異、不一）義門來解釋。一為：體用門的關係，一為：因果門的關係。體用門的關係就是：以第八為體，種子為用的關係。即第八是有情的主體，種子是其作用，故攝用歸體，其性都為無記而不異。
但若就體用各別來說，就不一了。因為：第八的體是無記性，而種子的用是受三性諸法的熏習，而現行三性諸法的，所以不能說兩者是一。因果門的關係就是：以種子為因，第八為果的關係。即：第八是現行，種子是生因，故兩者間有因果關連。本來，因果是相順，不得相違的，所以將因屬果，其性應為不異。但種子是隱伏於第八識中的能生作用，現行是其所生果，且已顯現故，它們就一隱、一顯，不為一了。可見體用、因果二門，均有不異不一的關係，其關係如下：
如此，第八識對種子，一方面要保持體用與因果關係，一方面又要為七轉識熏習新生種子的場所——熏處。但種子的熏習，必須要有能熏法和所熏處的和合，並且應具足四義方能成立。『四義』就是：堅住性、無記性、可熏、與能熏和合性。“堅住性”：大凡為所熏處保持種子者，則必須自無始 以來，一類相續無轉易、無間斷，並且有堅住的質才行。例如：七轉識和其相應心所，以及色法，都有轉易、間斷，縱使受熏亦無法保持種子。所以為所熏處的，就必須具足堅住性。
“無記性”：種子不但要具足上述的堅住性，於善、惡、無記的三性中，亦必須無覆無記才行。這是因為善染（惡、有覆）性的勢力比較強烈，而互相排拒，不容異性受熏的緣故。反之，無記性較為中和，不排拒善惡故，比較容易受熏。例如：佛果的第八識大圓境智，其性雖然堅住，但唯有善性故，不容種子的熏習。因此說：：佛果無熏習。“可熏性”是：其體非但要自在不隨他，同時還要不堅、不密、不常才行。為什麼呢？這是因為：體不自在，則其作用殊勝，無法保持種子之故。若其性堅密，則常住不變故，同樣也不容熏習了。
例如：第八識相應的五遍行，雖然亦具足前二義，但其體不自在故不容熏習。又像無為假法，因堅密常住故，亦不容熏習。與 “能熏和合性”，一名能所和合性。這非但要具足上述的三義，同時還要與能熏同時、同處、和合不相離。如：過去、未來的第八識，及他身的第八識，雖然亦具足前三義，但不與現身的能熏識和合故，亦不容受熏。在諸法中能具足上述四義的只有：現身的第八識，故新熏種子以七轉識為能熏，以第八識為所熏處。
第四節 種子和七轉識的關係
七轉識亦與他法同樣，仍為第八識中的種子現行開發的，所以為種子所生的果法，這是不用說的。若由此觀點來說，種子是因，七轉識是果了。不過，七轉識和他法不同，它是先起見聞覺知的認識作用後，再熏習諸法及自識的種子於第八識内的。所以被熏習的種子，七轉識是因，種子是果了。但七轉識並非全部有能熏的作用，因能熏的功能是必須具足四義的。即：有生滅、有勝用、有增減、與所熏和合性。“有生滅” 是指能熏的條件，非為生滅變化的有為法不可。因無為法是無生滅的，所以不能使種子長生。
“有勝用” 是：能熏的條件，除了具足上述的生滅的條件之外，還要能緣、強盛二勢用殊勝才行。“能緣的勢用” 是：指主觀的心、心所的作用，這是簡別色法的。因色法雖有強勝之用。然無能緣之用。“強盛的勢用” 是：指在三性中具足善、惡性。當然這是簡別無記性的。因為異熟無記心，雖然亦有能緣之用，但無強勝之用。
“有增減” 是：除具足上述二義之外，在作用上尚要有增減的性質。例如：佛果的無漏善法——四智心，因係達到最圓滿的境界，毫無增減的餘地，所以沒有能熏的作用。這就是上述佛果無熏習的理由。與 “所熏和合性” 是：除具足上述三義之外，還要與所熏同時、同處、能熏、所熏和合不相離。這和上述所熏的意思相同故不贅述。在諸法之中，具足上述四義的，惟有七轉識的非業果。諸識和能熏，非能熏的情形如左圖示：
第五節 種子的開發及熏習的狀況
如上述，種子是第八識的生果功能，而自無始以來寄存於第八識的自體中，前念生後念，念念相續，毫無間斷，有如河水的川流不息的。這種情形叫做「種子生種子」的因果。種子一旦與眾緣和合，即頓起現行，生起各自的果法。這種情形叫做「種子生現行」的因果。然，其現行的諸法，受緣於七轉識後，復熏第八識自體的種子，而其受熏的種子，復生滅相續，一俟眾緣和合時，再起現行。這種熏習的情形叫做「現行熏種子」的因果。
其熏習的情形如下：①由種子現行的諸法，必依七轉識現行的能緣作用，為所緣境。即七轉識緣各自的境界時，其主體的自證分，先起能熏的作用，助成見分（與力），然後為其能熏習的三分（見分、自證分、證自證分）的種子。這種情形叫做見分熏。②若見分幫助相分（與力）熏習所緣的種子，則叫做相分熏。蓋所緣境的諸法，沒有能緣的作用故，不能單獨依自力熏習種子，因此必俟七轉識的能緣，始能熏習自種子。這種種子、現行互為因果的情形，有如束爐的三腳，相依相靠，而有著雙重的因果（種生現、現熏種）關係。正如：炷上生焰，焰上燒炷的燃燒情形。能生的舊種子，和其所生的能熏的現行，以及所熏的新種子，是必須因果同時的，所以叫做：三法展轉因果同時。但種子的情形，因是前念滅後念生故，因果異時了。其關係如下：
