第一節 阿賴耶識
八識的能變共有三種情形。第一的第八能變叫做「異熟能變」，第二的第七能變叫做「思量能變」，第三的前六識能變叫做「了別境能變」。這又名：初能變、二能變、三能變。今先述 “初能變”——阿賴耶識的情形如：
一、名義——阿賴耶是梵語 Alaya的音譯，譯為藏。舊譯（音譯）為：阿梨耶、阿黎耶、阿羅耶、意譯為無沒。“藏有”：能藏、所藏、執藏等三義，這已如上述。“能藏” 是指：第八識善於自體中藏一切萬法的種子，有如金庫之能藏一切財寶。“所藏” 是、指現行熏種子義而說的。即：此識善為七轉識熏習諸法種子的場所—— 熏處，故叫做所藏。例如：七轉識為善，即熏善種子，為惡，即熏惡種子，故其所熏的種子便能貯藏。
至於第八識，因係依七轉識，藏諸種子故，叫做所藏。換句話說：“初能變” 時的藏是約持種子的不失義而說，今是約種子的 “受熏義” 而說。“執藏” 是指：第八識恆為第七末那識妄執實我、實法之意。這是約執藏義而說的。有了此三義，就叫做阿賴耶識。『阿賴耶識』雖有能藏、所藏、執藏等三義，但普通由修道的立場，特以自相的執藏義來闡明。其關係如下右圖示：
二、三位——第八識由於證智的程度，可分為三位。三位是：我愛執藏現行位，善惡業果位、相續執持位 ①我愛執藏現行位：這是指第八識的自相而說的。因第八識自無始以來，恒由第七識愛執為我故，叫做 “我愛藏位”。凡下自凡夫，上至第七地的菩薩，或二乘中的有學聖者都屬此位。此位的識叫做阿賴耶，為執藏義。蓋八地以上的菩薩，以及二乘的無學果，已無第七識的 “我執” 故無此名。②善惡業果位：這是指第八識的果相而說的。因第八識是由無始以來的善惡業所招感的異熟果故，叫做業果位。此位通至十地菩薩的金剛心，或二乘的無學聖者。
此識的梵語叫做毘播迦（Vipaka）譯為：異熟識。③相續執持位：這是指第八識的因相而說的。此位通至佛果以及盡未來際。因此識執持色心的萬法種子，令五根不失故，叫做相續位。此識的梵語叫做阿陀那（Adana）譯為執持識。可見阿賴耶者是特指：凡夫至菩薩第七地，或二乘的有學位的眾生而言；異熟識是指至菩薩的十地，或二乘無學果位的聖者而言；“執持識” 是指至佛果以及盡未來際的聖者而言的了。其關係如上左圖示。
三、性質——如上述第八識有三位的不同，而名稱亦各異。所以所謂阿賴耶識——就是指我人有漏法的第八識。那麼，阿賴耶識在三性中，究竟屬於何種性質呢？關於這，已如上述：阿賴耶是由於過去的善惡業所引起的總報，故為無記性。無記有：有覆無記和無覆無記的二類。“有覆無記” 是：不能引生苦樂，而有覆障，覆蔽的作用。即障礙無漏智的聖道，令心不清淨的。“無覆無記” 是：不但沒有招感果報的作用，亦不障礙聖道，而不覆蔽心性的。在此二記中，阿賴耶識屬於無覆無記性。因為：此識是流轉輪迴的主體故，若不是無覆無記，則現出善惡業等種種相違法，不能還滅流轉了。換句話說：若不是無覆無記，不但苦樂昇沉之義不成，且無法為善惡一切諸法的所依止，涵容一切不同性質的諸法了。
四、所緣——心王是必須有所緣始能發生作用的。那麼，此識的所緣又是如何呢？關於這，共有三種情形。即：種子、五根、器界。種子已如上述，雖為一切有漏、無漏色心的種子，但此中能真正為第八識所緣的，卻只有 “有漏三性” 諸法的種子，至於無漏的種子就不行了。因為無漏的種子，雖亦依此識而存在，但其性質與此相反，對識毫無「體用」因果的關係，故不為所緣。就是說，第八識是有漏，種子是無漏，故無法混在一起。五根是：眼、耳、鼻、舌、身等五種，一名有根身。這又有：勝義根、扶塵根的二種分別。
種子和五根，因善起内心作用故，第八識便以此為內境，緣出有情的自體了。“器界” 是：指此世界的山河大地，森羅萬象而言。這些無不屬有情的所依處，其體為色、聲、香、味、觸等五塵。這為外境。就是說：第八識，在内變作種子和五根，在外，變現器界以作自己的所緣。這裡的「緣」義，和六識分別緣慮作用的意義不同，為：變即緣的意思。所以所謂緣，即為 “變” 作義。變現五塵器界的種子，又有共相、不共相的二種不同。共相種子是：生起自他共通果的種子，而不共相種子是：發生自他不共通果的種子。但此二種子，都不能單獨現生果報，必依過去世的各種善惡業種子的增上緣始得現行。如：幫助共相種子發生果的，就叫做共業。
反之，幫助不共相種子發生果的，就叫做不共業。至於現生的果法，亦各有共變，不共變的二種。共變是指：山川家屋等，能共同受用，和不共同受用的外界。例如：山河大地是大家共同受用的境界，但衣服田宅，就不能共通使用了。不共變是：像我人的身體，無法共同受用的東西，這亦有共受用和不共受用之分。例如：五根的扶塵根是共受用，勝義根則不共受用了。其關係如左圖示：
在此要特別注意的是：“共業” 的意義。此業是各人各人所做的業，所以雖說共變，並不等於：由大家的合作，共變一法受用的意思。要知道，其所變現的果法是各人各別，只不過是在同一處變現，互相不障礙罷了。這恰如：在同一室內點了許多燈光，而其光輝皆能遍滿於一室，且互相映輝毫不障礙。所以甲只變甲的世界，自己受用，乙亦只變乙的世界，自己受用，各不相干。只因為其所變的世界類同相似，且現於同一場所，故叫做共變。不共業和不共變的意義，亦可由此類推。
五、相應——與第八識相應的心所是：觸、作意、受、想、思等五遍行法。在受心所中，有憂、喜、苦、樂、捨等五受，但這裡所謂的相應，祗指與捨相許的法而言，並非遍指五受。其原因是因為：①此識的行相極其不明，不特對於順境無分別力，且是微細地一類相續，因此與對立的憂、喜、苦、樂等受法不相應；②第八識是由善惡業引生的真異熟果故，與此相應的受，亦應為異熟受才行；③第八識為第七識的所緣境故，若與意（思量）變異受相應，則不能為常一我見的對境了。
第二節 末那識
末那識就是第七識，為三能變中的第二思量能變。此識是迷情的根本識，而自無始以來，恆與第八阿賴耶識俱起相續，且以第八識的見分為本質，另緣相分，妄執實我法的。我人就是因有了此識，才自無始以來無法離迷歸真，脫離生死苦海的輪迴。末那是梵語 Manas 的音譯，譯為：意或思量。此識因較之他識思量的作用殊勝，且含有：「恆」、「審」二種意義故，叫做思量識。
第八識雖然仍不斷相續，具有恒義，但任運分別不深明故缺少審義；第六識雖然能計度分別，具有審義，但有時間斷故，缺少恒義；前五識則既不相續亦無計度故，缺少兩義，其關係如左圖示。
此識是以第八識為所依，復為第六意識的所依，所以恒與我痴（恒行不共無明）、我見（身見）、我慢（七慢之一）、我愛（貪愛）等四種根本煩惱，以及觸等五徧行法、慧心所、惛沉、掉舉、不信、懈怠、放逸、失念、散亂、不正知等八隨煩惱相應（三性中屬有覆無記性）。無明的別名（這裡是指：與第七識相應的恒行不共無明）。「無明」是迷闇於事理，而分別諸相的。它不但為一切煩惱的根本，其作用尤廣，故可分為許多種類。
現暫由相應無明和不共無明來說。在六識上與貪等本惑俱起的叫做相應無明，相反的叫做不共無明。換句話說，無明雖與一切惑相應，但對貪等本惑分為二類。不共無明又有二類：一名恒行不共，一名獨行不共。“恒行不共” 是相應第七識，自無始以來恒存的，故叫做恒行。它雖然和其他我見、我慢、我愛等本惑相應，但自無始以來真正恒行且障礙真智的，僅係它故叫做不共。“獨行不共” 是只與第六識相應，而不與貪等本惑相應，獨自行動的。
這亦有二類：一名主獨行，二名非主獨行。主獨行是不與忿等隨煩惱俱起的獨行，反之，則名非主獨行。因忿等隨惑的作用較為粗強故，俱起時無明就無法為主，不俱起時，無明不俱起時，無明就可以為主。可見主，非主，不過是由其作用命名的了。其關係如左圖示。
我見一名叫做身見，即：所謂的薩伽耶見（這裡是指：與第七相應的俱生起和恆相續的我見）。這是緣五蘊和合的假體，妄執為常一的實我身的惡見。
有：分別起和俱生起的二種類。俱生起復有：有間斷和恒相續的二種。其中，分別起和俱生起的有間斷與第六相應，俱生起的恒相續與第七相應。其關係如左圖示。
我慢是慢、過慢、慢過慢、我慢、增上慢、卑慢、邪慢等七慢中之一，為踞傲的意思。即：侍從所執之我的貢高心。
我愛是指貪愛，為深著自我之意。我人的常於苦海沈淪無法脫離，就是起因於這些根本煩惱，恒與第七心王相應，在內擾濁第七識，在外困擾第六識，使其成為有漏的緣故。
末那識在三性中究竟屬於何性呢？這在『論』中說：「有覆無記攝」。本來心王的性質是沒有染污性的——無記性。然其相應的四煩惱是染污法，而且有覆障故，此識亦受其影響，被蓋覆、染污了。
此識和第八識相同，亦有三位的分別。即：生我見相應位，法我見相應位，平等性智相應位。生我見相應位是：緣第八阿賴耶識，起我執之位，為：一切凡夫，二乘有學，及菩薩七地以前的有漏心位。
法我見相應位是：緣第八異熟識，起法執之位，為：一切凡夫，二乘及菩薩之生空智位。平等性智相應位是：緣真俗諸法，起平等性智之位真俗諸法，起平等性智之位，為：菩薩之法空智和在佛果位所起的末那識。若與第八識的三位對照，即叫做思量位，攝盡一切眾生（自凡夫至佛果）無遺。其關係如左圖示。
第三節 前六識
前六識就是：眼、耳、鼻、舌、身、意等六識，此識較之第七、第八識，了別的作勝故，叫做第三了別境能變。此中，眼、耳、鼻、舌、身的五識，各以五根為所依，以色、聲等五塵為所緣，共成五事故，概括地叫做前五識。五識就是：①依同一色根；②緣同一色境；③共緣現在境；④皆只有現量；⑤皆有間斷。五識是和五徧行、五別境、十一善以及八大隨惑、二中隨惑、貪、瞋、痴等三十四心所相應，且徧通善、惡、無記三性的。但不像第六識之由作意分別所起，而是任運所起故，其、惡、無記性，均由第六意識引導。就是說：第六意識善，則此識亦善，第六意識惡，則此識亦惡。
至於此識的現起，就必須內外等緣了。內緣是指：具足於第八識中的五識的自種子。就是：以第六意識的種子為親緣而生起現行的五識。外緣就是：空、明、根、境、作意、根本依、染淨依、分別依等八緣。明就是光明；空就是空間；根就是所依的色根；境就是所緣的色境；作意就是作意心所；根本依就是現行的第八識；染淨依就是第七識；分別依就是第六識。在五識中，眼識需要九緣，耳識需要八緣（除明），鼻、舌、身三識需要七緣（除明、空）方能發生作用。這就是「離中知」、「合中知」的由來。
第六意識是遍緣識，所以能緣有為、無為等一切諸法。這若與前五識同時俱起，即名：五俱意識，否則就叫：不俱意識。五俱意識可以分明地了知境界故，一名明了意識。此中，若與五識同時俱起，並且同緣五識的境界，就名五同緣意識。又若於前五識中的某識俱起，且於緣境後相續現行，則名五後意識，反之（不與五識俱起，獨自緣境）則名獨頭意識。
“獨頭意識” 復有：定中、獨散、夢中等三種類別。“定中意識” 是：與色界、無色界等一切定心俱起的意識。“獨散意識” 是：單獨現起而回憶過去，預卜未來，或加以別的意識。“夢中意識” 是：於睡眠中現起分別的意識。此識是由於：境、作惡、不共依的第七識，以及共依的阿賴耶識，親因緣的種子等五緣發生，非但遍通於善、惡、無記三性，又悉與六位五十一個心所法相應。
但此識在睡眠、悶絕、無想定、滅盡定以及無想天等五位，就間斷不起。這就是所謂：五位無心的理由。其關係如左圖示。
