關於本論的大意，或謂是如來藏緣起宗，或謂是說明一心二門，諸家見解各異但未能稱為允當之說。蓋起信論由因緣分、立義分、解釋分、勸修行信心分、勸修利益分五段分類組織而成，論脈整然。最初在立義分中說述本論述作的理由，然後在立義分中說述主張的根本義，更在解釋分中詳細加以說明。
要之，在立義分和解釋分中，說明一心二門三大，在修行信心分中說明四信五行，在勸修利益分中舉示利益，勸人實行。故本論一部的大要，一言以蔽之，可說是在於說明一心、二門、三大、四信、五行。今略述其梗概如下：
一心的要旨
所謂一心，是怎麼樣的東西呢？所謂一，並不是和二、三相對的一個數字，乃惟一絕對之意。又所謂心，並不是思慮知覺之意，乃本體或實體之意。故所謂一心，是指宇宙的本體實體。這本體實體實乃絕對平等，而非相對差別，故名為一心。可知這所謂真如、所謂法性、所謂心性、所謂法界、所謂實相、所謂如來藏、所謂妙心、所謂涅槃、所謂密嚴國、所謂本來面目、所謂獨明天真，說明多少相異，只是意味略同。
在本論中，又把這一心稱為眾生心而說明。所謂一心，所謂眾生心，其實體毫無差別。若以一心為宇宙精神，則眾生心是個體精神，即由宇宙精神形造出來的個體精神。換言之，可說是所謂一心，是理論的哲學的命名；所謂眾生心，是倫理的宗教的名稱。
二門的要旨
所謂二門即心真如門和心生滅門，是把一心開出為體和相兩方面。即心真如門是一心的體，是從絕對無限的本體方面觀察說明一心。心生滅門是一心的相，是從相對差別的現象方面觀察說明一心。在心真如門的絕對界，宇宙無染淨之別，無真妄之別，無佛凡之別，無物心之別，是平等無差別的。在心生滅門的相對界，宇宙截然地具有染淨、真妄、佛凡、物心的差別。
三大的要旨
所謂三大，即體大、相大、用大。既就一心二門的大乘的法體說明了其性狀，接著再來說明這一心二門的法體何故名為大的理由。即從體上觀看這一心二門之法，但見遍滿宇宙萬有，佛陀、眾生、餓鬼、畜生、貓、犬，沒有一個不是此一心二門之法，故名為體大。又，從相上觀看這一心二門之法，則有無量數恆河沙數的功德，故名為相大。
又，從用上觀看這一心二門之法，則一切力皆有用，普遍攝化眾生，故名為用大。這樣，從體說來，從相說來，從用說來，三者都是大，所以稱一心二門之故為大。然此法在過去，在現在，在未來，都是把一切眾生從生死的此岸渡送到涅槃的彼岸的乘物，故名之為乘，名之為大乘。
四信的要旨
所謂四信，即信仰真如、佛寶、法寶、僧寶。信仰的對象有四種，故信心亦分為四種。即領解一心二門三大的真如的法和義，便可信仰根本的真如和由此顯現的三寶。
五行的要旨
所謂五行，即布施、持戒、忍辱、精進、止觀的五種。對大乘的真理既然有了深切的信仰，便可實踐躬行這真理。五行歸結之處，在於真如一行三昧。真如一行三昧的究竟之所，實為佛果。但倘退緣甚多，不能成就真如一行三昧，則有別的勝方便，即往生到西方極樂的阿彌陀佛之所，而修習之。
把上述的一心、二門、三大、四信、五行配合到論的題號上，則一心、二門、三大是大乘，四信、五行是起信。其中一心、二門是大乘的法，三大是說明稱為大乘之義。四信、五行因為深信必能實行，故在題號上略去，單稱起信。又，一心、二門、三大，是理論的哲學的說明，四信、五行是實踐的宗教的說明。這樣把理論和實踐、哲學和宗教合起來說，可使我們迷界的眾生充分領會所以稱為大乘之理，因此而信仰之。這是起信論一部的大意綱領。
本論中的緣起和實相
再從教理上觀看本論一部的大意，可說本論實在是把緣起和實相方面合起來說述。無論說明何物，有時間的說明，同時不可沒有空間的說明。即須從豎的緣起論和橫的實相論兩方面觀察。所謂緣起論，是論述萬有的開發變化，說明所謂生滅輪迴的因緣相狀，又闡明還滅解說的因緣相狀。所謂實相論，是直接把握本體或現象，而討究本體為何物、現象是真實抑虛妄。
今就起信論看來，所謂一心，所謂心真如門，主要是就實相方面說明；所謂心生滅門，主要是就緣起方面說明。但在實相方面，僅僅肯定本體為真實，而把現象盡行否定為虛妄。在緣起方面，則主張真如緣起說，但緣起和實相的兩面觀，則秋毫亦不可離，所以不可截然區別，到處交錯關聯。欲斷本論全部的宗要，可說是鼓吹真如緣起論，實相論不外乎少量的加味。
